Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGCTCTATCTGCAGCGTTTGGAAATGGTTTATCTACAACTTGTGTTGTCAACATTGGTGCTCAAGTTACACAAGTAGTTTGTGTTGAGgtaataacccttgtttttttttaatcactgcattgatttacctaaagatttagccttgacatggaaaatagctatctatccatgtgtctgaaccttgact...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101250_T02
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101250_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os04g09860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GAAGCTCTATCTGCAGCGTTTGGAAATGGTTTATCTACAACTTGTGTTGTCAACATTGGTGCTCAAGTTACACAAGTAGTTTGTGTTGAGgtaataacccttgtttttttttaatcactgcattgattt-----acctaaagatt-tagccttgacatggaaaatagcta---tctatccatgtgtctgaaccttgact-----------------------------------
||||||||| ||||||| ||||||||||| || || ||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |||| ||      | || |          |  | | | || ||  ||| |   | || ||   ||   | | |  |  | |||  |   ||  |                                   
GAAGCTCTAGCTGCAGCATTTGGAAATGGCTTGTCGACATCTTGTGTGGTCAACATTGGCGCGCAAGTTACACAAGTAGTTTGTGTTGAGgtaataaccgtagcattttctttggtctttcactagccattgagaaatgagggttgtattcttaagtcgtaatatgaatagcttttctttagctttctagatactgcttacgtaccaatatattgtcctccttgatgtatgcag