Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctcttcagcggaattgagtaaaaaactgtgtggtgtaaaattttgatttctgatgtgatattgtacatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G088088_T01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G088088_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os05g06350.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCA---GCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctcttcagcgg---aattgagtaaaaaactgtgtggtg--taaaattttgatttctgat-----gtgatattgtacatgcag
   |||||||||||||||||||||| |||||  | || || |||||||||||||| |||||   ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |   || | ||||  |   ||  || |       ||  || ||||||||        |||||||  ||||||
---AAGATGATGCCATGCCCTCAGGTGACAACGCTCAAAACGGCTTCAACTTTGGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatctttagcagttaaactaagtaggattgtggttgatcatggggatggtgttttctgatcgatataaatattgtttatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6449685|gb|AW181225.1|AW181225
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|6563952|gb|AW231574.1|AW231574
EST:     ACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGNCCNCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: ACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|40303682|gb|CK348069.1|CK348069
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|12058264|gb|BF733097.1|BF733097
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|7262327|gb|AW585270.1|AW585270
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|37374371|gb|CF623537.1|CF623537
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|60353322|gb|DN220295.1|DN220295
EST:     CAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: CAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|22549197|gb|BU101398.1|BU101398
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|26456749|gb|CA828332.1|CA828332
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|32919261|gb|CF024073.1|CF024073
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|94477953|gb|EB706911.1|EB706911
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGTCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|40337118|gb|CK371188.1|CK371188
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|60336617|gb|DN203590.1|DN203590
EST:     CAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: CAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|32868310|gb|CF007992.1|CF007992
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|32868100|gb|CF007782.1|CF007782
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|87157785|gb|DY402574.1|DY402574
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|40302975|gb|CK347362.1|CK347362
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|30087457|gb|CB885663.1|CB885663
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|20803233|gb|BQ294283.1|BQ294283
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|32868099|gb|CF007781.1|CF007781
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|211134466|gb|FL464557.1|FL464557
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|37397624|gb|CF636112.1|CF636112
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|26559056|gb|CA831291.1|CA831291
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 225

AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGGGCTAGTCAGAGGTGTGGGGTAGCGGCGTCAACCAAGTCATGGTTGAGTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 181

AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGGGCTAGTCAGAGGTGTGGGGTAGCGGCGTCAACCAAGTCATGGTTGAGTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 123

AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGGGCTAGTCAGAGGTGTGGGGTAGCGGCGTCAACCAAGTCATGGTTGAGTC


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 164

AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGGGCTAGTCAGAGGTGTGGGGTAGCGGCGTCAACCAAGTCATGGTTGAGTC


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctcttcagcggaattgagtaaaaaactgtgtggtgtaaaattttgatttctgatgtgatattgtacatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG