Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttgattccatagttatttatctagcaggttaaacattccttgatatagaggcataagaaccttcacaatttttaaagcttcatactttgtaca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077299_T02
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G077299_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os12g03470.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttga-ttccatagttatttatctagcaggttaaacattccttgatatagaggcataagaaccttcacaatttttaaagcttcatactttgtaca
|| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  ||| | |||  || |||   | || | |    |||||||         |     |  |   || |||    ||  ||| ||   ||  
GAATCAGCCATAATGATGAAGTTGATACTGCTGCAATTGCTCCTTTTGTAAAAgtatgttctgaactccctggtttattttctgttaagtcagatgcaccttgattcgctaaattgtttccactttaaaatttacctgcaacatcctagctat-

upper sequence: GRMZM2G077299_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os11g03730.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttga-ttccatagttatttatctagcaggttaaacattccttgatatag-aggcataagaaccttcacaattt--ttaaagcttcatactttgtaca
|| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  ||  || ||  || |||  ||||| | |    ||||||| |   |   |       ||| | ||||    |  | | || ||  |      
GAATCAGCCATAATGATGAAGTTGATACTGCTGCGATTGCTCCTTTTGTAAAAgtatgttctgaactctctattttattttctgtcaggtcagatgcaccttgatttgttaaatagtttccactttagaattcacctgtaacgtcctagctat----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32847594|gb|CD987275.1|CD987275
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|12045517|gb|BF727656.1|BF727656
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCATGGTTTAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32846175|gb|CD985856.1|CD985856
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGGCAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|6095297|gb|AW119964.1|AW119964
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|211082959|gb|FL420012.1|FL420012
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32865761|gb|CF005443.1|CF005443
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|78179997|gb|DV550370.1|DV550370
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|211043015|gb|FL421679.1|FL421679
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32846927|gb|CD986608.1|CD986608
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32835529|gb|CD975207.1|CD975207
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|71441725|gb|DR822775.1|DR822775
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32846588|gb|CD986269.1|CD986269
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG