Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttgattccatagttatttatctagcaggttaaacattccttgatatagaggcataagaaccttcacaatttttaaagcttcatactttgtaca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077299_T01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G077299_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os12g03470.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttga-ttccatagttatttatctagcaggttaaacattccttgatatagaggcataagaaccttcacaatttttaaagcttcatactttgtaca
|| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  ||| | |||  || |||   | || | |    |||||||         |     |  |   || |||    ||  ||| ||   ||  
GAATCAGCCATAATGATGAAGTTGATACTGCTGCAATTGCTCCTTTTGTAAAAgtatgttctgaactccctggtttattttctgttaagtcagatgcaccttgattcgctaaattgtttccactttaaaatttacctgcaacatcctagctat-

upper sequence: GRMZM2G077299_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os11g03730.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttga-ttccatagttatttatctagcaggttaaacattccttgatatag-aggcataagaaccttcacaattt--ttaaagcttcatactttgtaca
|| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  ||  || ||  || |||  ||||| | |    ||||||| |   |   |       ||| | ||||    |  | | || ||  |      
GAATCAGCCATAATGATGAAGTTGATACTGCTGCGATTGCTCCTTTTGTAAAAgtatgttctgaactctctattttattttctgtcaggtcagatgcaccttgatttgttaaatagtttccactttagaattcacctgtaacgtcctagctat----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32847594|gb|CD987275.1|CD987275
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|12045517|gb|BF727656.1|BF727656
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCATGGTTTAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32846175|gb|CD985856.1|CD985856
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGGCAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|6095297|gb|AW119964.1|AW119964
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|211082959|gb|FL420012.1|FL420012
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32865761|gb|CF005443.1|CF005443
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|78179997|gb|DV550370.1|DV550370
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|211043015|gb|FL421679.1|FL421679
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32846927|gb|CD986608.1|CD986608
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32835529|gb|CD975207.1|CD975207
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|71441725|gb|DR822775.1|DR822775
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32846588|gb|CD986269.1|CD986269
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttgattccatagttatttatctagcaggttaaacattccttgatatagaggcataagaaccttcacaatttttaaagcttcatactttgtaca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cataagaa