1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
TGGAACAGGTGTCTCCCCATTGCAGCTGAGGACTGCTGCCATGGCTCTTCTACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAGgtgatgacatcctttttgtatttctggctcaatatggattacttaacagtttctggagctgacatagtgacatcgacgtattaacatgtttgatcctatccgtccatatgcttcccttgttaaatatgtacttgctcttagctataggttgctgttatgaaccagttcaattctttgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G048819_T01 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAG ATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAGEST: gi|67015806|gb|CO444555.1|CO444555
genomic: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAGgtgatgacat ... ttctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
EST: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAG ATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAGEST: gi|78075398|gb|DV503832.1|DV503832
genomic: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAGgtgatgacat ... ttctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
EST: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAG ATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAGEST: gi|67026083|gb|CO454832.1|CO454832
genomic: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAGgtgatgacat ... ttctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
EST: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAG ATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
genomic: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAGgtgatgacat ... ttctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGAACAGGTGTCTCCCCATTGCAGCTGAGGACTGCTGCCATGGCTCTTCTACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAGgtgatgacatcctttttgtatttctggctcaatatggattacttaacagtttctggagctgacatagtgacatcgacgtattaacatgtttgatcctatccgtccatatgcttcccttgttaaatatgtacttgctcttagctataggttgctgttatgaaccagttcaattctttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT