Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGCGAACCCCTTACTGTCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctccactgcatatgcaattggtttgtggttggtcagaacactgtcagtgcattatatcatcaactataccatttgtttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044027_T02
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G044027_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g16980.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
TGGCGAACCCCTTACTGTCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtc-ctccactgcatatgcaattggtttgtggttggtcagaacactg-----tcagtgcattatatcatcaactataccatttgtttgcag
|||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||| | ||  |  | |||  |||  ||  | | |||    |||  ||     ||| ||||| | |||||||    ||||||||   |||||
TGGCGAGCCCCTGACTGTTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcaccccttttgaaatgtcattaattaatagctggctgaaactttgatatatcattgcatcacatcatcactggtaccattttaatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149097834|gb|EE183762.2|EE183762
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTCCTGCTATGTCGCCGATATG                         TTTGATGTTCTTATTAGACTG
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTG
EST: gi|32841175|gb|CD980856.1|CD980856
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|14206834|gb|BG840512.1|BG840512
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32909997|gb|CF014809.1|CF014809
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32841101|gb|CD980782.1|CD980782
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|7216734|gb|AW562856.1|AW562856
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|211032180|gb|FL277400.1|FL277400
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850262|gb|CD989943.1|CD989943
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGGCTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850632|gb|CD990313.1|CD990313
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|166620359|gb|EG312254.1|EG312254
EST:     CCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: CCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850554|gb|CD990235.1|CD990235
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32866186|gb|CF005868.1|CF005868
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850616|gb|CD990297.1|CD990297
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32840626|gb|CD980307.1|CD980307
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32849033|gb|CD988714.1|CD988714
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCAATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAAACA-CACTGGGCCGATTAA
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAA-CAACACTGGGCCGATTAA
EST: gi|67013235|gb|CO441984.1|CO441984
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|213192508|gb|FM182601.1|FM182601
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|148951041|gb|EC896695.2|EC896695
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAAGAGCTTCTGCTATGTCGCCAATATG                         GTTGATGGTCTTAATAGACT
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGCGAACCCCTTACTGTCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctccactgcatatgcaattggtttgtggttggtcagaacactgtcagtgcattatatcatcaactataccatttgtttgcag

- - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT