Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACACAACCAGCGAAGATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattgtaaacaatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactcatgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatattatggtgtccctgtacctcatttgtttctttgctatatgctatacaaacacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G035636_T01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G035636_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
ACACAACCAGCGAAGATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattgtaaacaat--------------gtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactc--------atgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatatta---tggtgtc--------cctgtacct-catttgtttctttgctatatgctatacaaacacag
||||| ||| | || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| |||| || | || |||   |               ||||||  ||   |||   |    |  ||||        ||  |   |  ||         ||||  || ||||| | |    ||  ||         ||||||   |  |  ||||||  | || || |||  ||||||||
ACACAGCCATCAAAAATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6964727|gb|AW433420.1|AW433420
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32850229|gb|CD989910.1|CD989910
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32835904|gb|CD975582.1|CD975582
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|33092153|gb|CF052147.1|CF052147
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACCTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32827008|gb|CD966686.1|CD966686
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32850207|gb|CD989888.1|CD989888
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGCCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32850559|gb|CD990240.1|CD990240
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|194716945|gb|FK934104.1|FK934104
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACCCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|8576947|gb|BE129584.1|BE129584
EST:     ATCTGTTCCCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGACGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|7135183|gb|AW497972.1|AW497972
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|32850704|gb|CD990385.1|CD990385
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|211224721|gb|FL222439.1|FL222439
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGG