Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGGCTATGGTGCATATAACGCTTACATTTCAGCTGCTACCAGGTATGCAACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtctttgatctgttatagttttttttgtcagacttgaaacttttctacaagacttggtatttcactgtttggctttcatcattcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030902_T02
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G030902_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os01g71770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GGTGGCTATGGTGCATATAACGCTTACATTTCAGCTGCTACCAGGTATGCAACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtctttgatctgttatagttttttttgtcagactt-gaaacttttctacaagacttggtatttcactgtttggctttcatcattcag
|||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||    ||   |   |      | | | ||   | ||||||  ||   |  |   | |||  || |||| ||| |||     ||
GGTGGCTATGGTGCATATAATGCATACATTTCAGCAGCTACCAGATATGCAGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttctg-ctacgaagatcacaggtttgacacaaagcaactttgttaactggttaaatgtttt-ctatttgacttacattgactag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60356069|gb|DN223042.1|DN223042
EST:     AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAA                         GAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
genomic: AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
EST: gi|60357001|gb|DN223974.1|DN223974
EST:     TCATCCTGGATCAGCCTATGGAA                         GAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
genomic: TCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
EST: gi|110218916|gb|EC900814.1|EC900814
EST:     TGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAA                         GAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
genomic: TGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
EST: gi|149096473|gb|EE182215.2|EE182215
EST:     AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAA                         GAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
genomic: AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
EST: gi|37375908|gb|CF624436.1|CF624436
EST:     CAGCTTATGGAA                         GAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
genomic: CAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
EST: gi|71304924|gb|DR788592.1|DR788592
EST:     TGGATCAGCCTATGGAA                         GAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
genomic: TGGATCAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
EST: gi|21432115|gb|BQ547605.1|BQ547605
EST:     AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAA                         GAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTT
genomic: AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTT
EST: gi|33098312|gb|CF058272.1|CF058272
EST:     AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAA                         GAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
genomic: AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
EST: gi|32847027|gb|CD986708.1|CD986708
EST:     AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAA                         GAGGGTATTATGGACCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
genomic: AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
EST: gi|60343320|gb|DN210293.1|DN210293
EST:     AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAA                         GAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
genomic: AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCAGTGGGCAAGAAGATATTTGTTGGTA
EST: gi|26558086|gb|CA830321.1|CA830321
EST:     AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAA                         GAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCA
genomic: AACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtcttt ... catcattcagGAGGGTACTATGGATCCTCTCAAGCA