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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTGGAGAACCAACTGAGGATCTTAAAAGGACTTTCTGAAAATCACCATGAAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAGgtaactatgtaattatgttatatacttaggggtggtaatggatcgcgatccaaatgtttcttcacaattcgtttgagctctcgataattttagttcaaaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030839_T01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31664552|gb|CD573485.1|CD573485
EST:     AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAG                         TGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATTG
genomic: AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAGgtaactatgt ... ttctctgcagTGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATTG
EST: gi|93281730|gb|EB673994.1|EB673994
EST:     AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCCTCTCACATATGGGAAG                         TGGGCAGAGGTGGCTACTAACCCACATCAAGA-TTAATTATA
genomic: AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAGgtaactatgt ... ttctctgcagTGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATA
EST: gi|78021524|gb|DV489911.1|DV489911
EST:     AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAG                         TGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATTG
genomic: AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAGgtaactatgt ... ttctctgcagTGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATTG
EST: gi|6020336|gb|AW065264.1|AW065264
EST:     AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAG                         TGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATTG
genomic: AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAGgtaactatgt ... ttctctgcagTGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATTG
EST: gi|93281729|gb|EB673993.1|EB673993
EST:     AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAG                         TGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATTG
genomic: AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAGgtaactatgt ... ttctctgcagTGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATTG
EST: gi|211002004|gb|FL458771.1|FL458771
EST:     TCACATATGGGAAG                         TGGGCAGAAGTGGCTACTAACCCAACATCAAGAATTATTTATAAGATCATT
genomic: TCACATATGGGAAGgtaactatgt ... ttctctgcagTGGGCAGAGGTGGCTACTAA-CCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATT
EST: gi|31664553|gb|CD573486.1|CD573486
EST:     AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAG                         TGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATTG
genomic: AAGCATATGAGTCCATGGTGAGGTCCTGTAGTCGTCTCACATATGGGAAGgtaactatgt ... ttctctgcagTGGGCAGAGGTGGCTACTAACCAACATCAAGAATTAATTATAAGATCATTG