Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAAATACTTTATTTAAGAGGATATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataacttcaaaattcatatttccaatctcttttgctaagtactttcgccgtatggaattaaatattattgtcttttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G005308_T02
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G005308_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os12g04010.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GCAAATACTTTATTTAAGAGGATATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataacttcaaaattcatatttccaatctcttttgctaagtactttcgccgtatggaattaaata-----ttattgtcttttcag
|||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||  | |   ||    ||||||  | |  | |||| ||| | |||||  || |   || |||  |      ||||  ||||||||
GCAAATACCTTATTTAAGAGAATATGCTTGAAGTTGGATGCACTATCTCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCGgtatggaatagtgacaag---atatttt-acttacatttg-taatttctttcagcgaagttaactaacaaggtaaatattcacttttcag

upper sequence: GRMZM2G005308_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os11g04200.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GCAAATACTTTATTTAAGAGGATATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataacttcaaaattcatatttccaatctcttttgctaagtactttcgccgtatggaattaaata-----ttattgtcttttcag
||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||  | |        || || |   |  |   ||  ||| | |||||  || |   || |||  |      ||||  ||||||||
GCAAAGACCTTATTTAAGAGAATATGCTTGAAGTTGGATGCACTATCTCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCGgtatggaatagt-----gaccagatattttacttaaatttgtaatttctttcagcgaagttaactaacaaggtaaatattcacttttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60347217|gb|DN214190.1|DN214190
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|211462206|gb|FL207483.1|FL207483
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|211459691|gb|FL207478.1|FL207478
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|24769907|gb|CA405036.1|CA405036
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|211183290|gb|FL434310.1|FL434310
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|60394413|gb|DN227283.1|DN227283
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|71764578|gb|DR962515.1|DR962515
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|71761969|gb|DR959906.1|DR959906
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|211183291|gb|FL434311.1|FL434311
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|31364214|gb|CD448569.1|CD448569
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|211462204|gb|FL207481.1|FL207481
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|76011806|gb|DT938976.1|DT938976
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|40303495|gb|CK347882.1|CK347882
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
EST: gi|37392792|gb|CF633649.1|CF633649
EST:     TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCA                         GTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA
genomic: TATGTTTGAAATTGGATGCGCTATCGCATTTCCACTTTGCTCCAAAGCCAgtaaggataa ... gtcttttcagGTCATTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAA