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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATCGATGCCCGCCGCCTCAGAGAGGCCCGCCCCACCACCGTCGCCCTCGGCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACCgtaatactacccccttcctcccccctctctcctatgcttcccgtcttgcttgtctcgtgctcttcaactgttcgacgaattgtctctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G886044_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G886044_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os11g20689.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
CATCGATGCCCGCCGCCTCAGAGAGGCCCGCCCCACCACCGTCGCCCTCGGCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACCgtaatactaccc---------ccttcctcccccctctctcctatgcttcccgtcttgctt--gtctcgtgctcttcaactgttcgacgaattgtctct-gcag-------------
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CCCCGACGCGCGCCGCCCCGCCGAGGCCCGCCCAACCACCGTCGCCCTCGCCGCCGTGTCCTCCGCCCACGGCTCCGCCCTCGTCCGCCTCGGCGACACCgtacgaccccccaagccgccgctctccacccctccctctccc-cgccactcttcctgatttaggcgtccgtgcaccacctatttgacgaaatgcctcccgtatctgtttgcggcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71432635|gb|DR813685.1|DR813685
EST:     GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACC                         GCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAGGTGATGTCGCCCCCGGCGGAGCAC
genomic: GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACCgtaatactac ... gtctctgcagGCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAGGTGATGTCGCCCCCGGCGGAGCAC
EST: gi|211213900|gb|FL360045.1|FL360045
EST:     GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACC                         GCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAG
genomic: GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACCgtaatactac ... gtctctgcagGCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAG
EST: gi|71438985|gb|DR820035.1|DR820035
EST:     GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACC                         GCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAGGTGATGTCGCCCCCGGCGGAGCAC
genomic: GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACCgtaatactac ... gtctctgcagGCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAGGTGATGTCGCCCCCGGCGGAGCAC
EST: gi|71427292|gb|DR808342.1|DR808342
EST:     GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACC                         GCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAGGTGATGTCGCCCCCGGCGGAGCAC
genomic: GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACCgtaatactac ... gtctctgcagGCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAGGTGATGTCGCCCCCGGCGGAGCAC
EST: gi|71438108|gb|DR819158.1|DR819158
EST:     GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACC                         GCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAGGTGATGTCGCCCCCGGCGGAGCAC
genomic: GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACCgtaatactac ... gtctctgcagGCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAGGTGATGTCGCCCCCGGCGGAGCAC
EST: gi|211224659|gb|FL333917.1|FL333917
EST:     GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACC                         GCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAGGTGATGTCGCCCCCGGCGGAGCAC
genomic: GCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACCgtaatactac ... gtctctgcagGCCATGCTCGCGTCGGTCAAGCTCGAGGTGATGTCGCCCCCGGCGGAGCAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CATCGATGCCCGCCGCCTCAGAGAGGCCCGCCCCACCACCGTCGCCCTCGGCGCCGTCTCCTCCGCGCATGGTTCCGCTCTCGCCCGCCTTGGCGACACCgtaatactacccccttcctcccccctctctcctatgcttcccgtcttgcttgtctcgtgctcttcaactgttcgacgaattgtctctgcag

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