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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGCCGTTTTCCCCATCTCGCGCAGCGCTACTGCCGGCTGTCCCGAGTCCCGACCACCGTCCTCCGCTCCCGGACGTGAATCCTTCCTCCTACCGCGATGgtaggtggtctcatctcccgccctcgtcctcctccgttccttcgcactctaccgcgcacgggcggcgctgccggtctcttgatctgccccgacccatcgc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G883149_T03
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211335317|gb|FL100773.1|FL100773
EST:     CGACCACCGTCCTCCGCTCCCCGCCGTGAATCCTTCCTCCTCCCGCGATG                         GAGACCTTCCCGTCGGTGAAGAACATCCTCCTACTGGACTCCGAGGGGAAG
genomic: CGACCACCGTCCTCCGCTCCCGGACGTGAATCCTTCCTCCTACCGCGATGgtaggtggtc ... tttgatgcagGAGACCTTCCCGTCGGTGAAGAACATCCTCCTACTGGACTCCGAGGGGAAG
EST: gi|50324981|gb|CO520107.1|CO520107
EST:     GGACGTGAATCCTTCCTCCTACCGCGATG                         GAGACCTTCCCGTCGGTGAAGAACATCCTCCTACTGGACTCCGAGGGGAAG
genomic: GGACGTGAATCCTTCCTCCTACCGCGATGgtaggtggtc ... tttgatgcagGAGACCTTCCCGTCGGTGAAGAACATCCTCCTACTGGACTCCGAGGGGAAG
EST: gi|211477574|gb|FL100774.1|FL100774
EST:     CGACCACCGTCCTCCGCTCCCCGCCGTGAATCCTTCCTCCTCCCGCGATG                         GAGACCTTCCCGTCGGTGAAGAACATCCTCCTACTGGACTCCGAGGGGAAG
genomic: CGACCACCGTCCTCCGCTCCCGGACGTGAATCCTTCCTCCTACCGCGATGgtaggtggtc ... tttgatgcagGAGACCTTCCCGTCGGTGAAGAACATCCTCCTACTGGACTCCGAGGGGAAG
EST: gi|40303119|gb|CK347506.1|CK347506
EST:     CCGCTCCCCGCCGTGAATCCTTCCTCCTCCCGCGATG                         GAGACCTTCCCGTTGGTGAAGAACATCCTCCTACTGGACTCCGAGGGGAAG
genomic: CCGCTCCCGGACGTGAATCCTTCCTCCTACCGCGATGgtaggtggtc ... tttgatgcagGAGACCTTCCCGTCGGTGAAGAACATCCTCCTACTGGACTCCGAGGGGAAG
EST: gi|211477578|gb|FL100778.1|FL100778
EST:     CGACCACCGTCCTCCGCTCCCCGCCGTGAATCCTTCCTCCTCCCGCGATG                         GAGACCTTCCCGTCGGTGAAGAACATCCTCCTACTGGACTCCGAGGGGAAG
genomic: CGACCACCGTCCTCCGCTCCCGGACGTGAATCCTTCCTCCTACCGCGATGgtaggtggtc ... tttgatgcagGAGACCTTCCCGTCGGTGAAGAACATCCTCCTACTGGACTCCGAGGGGAAG