1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
GTAACATTTGTTAACAAGGATGGCTCAGAAAAGACAATACGTGTTCCAGTTGGAATGTCCATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATAGAGCTTGAAGgtacaaatattacaaagatgtgcacttctattctagtgtgggtattgtgtttatggttttgtagtcagttcatgcttggtgataagaatatgtcatatat...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G856338_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAATGTCCATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATAGAGCTTGAAG GAGCATGTGAGGGTTCACTTGCGTGTTCTACTTGTCATGTAATAGTAATGEST: gi|78089005|gb|DV517398.1|DV517398
genomic: GAATGTCCATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATAGAGCTTGAAGgtacaaatat ... tctactgcagGAGCATGTGAGGGTTCACTTGCGTGTTCTACTTGTCATGTAATAGTAATG
EST: TGGAATGTCCATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATAGAGCTTGAAG GAGCATGTGAGGGTTCACTTGCGTGTTCTACTTGTCATGTAATAGTAATGEST: gi|76925365|gb|DV170401.1|DV170401
genomic: TGGAATGTCCATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATAGAGCTTGAAGgtacaaatat ... tctactgcagGAGCATGTGAGGGTTCACTTGCGTGTTCTACTTGTCATGTAATAGTAATG
EST: TGGAATGTCCATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATAGAGCTTGAAG GAGCATGTGAGGGTTCACTTGCGTGTTCTACTTGTCATGTAATAGTAATG
genomic: TGGAATGTCCATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATAGAGCTTGAAGgtacaaatat ... tctactgcagGAGCATGTGAGGGTTCACTTGCGTGTTCTACTTGTCATGTAATAGTAATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTAACATTTGTTAACAAGGATGGCTCAGAAAAGACAATACGTGTTCCAGTTGGAATGTCCATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATAGAGCTTGAAGgtacaaatattacaaagatgtgcacttctattctagtgtgggtattgtgtttatggttttgtagtcagttcatgcttggtgataagaatatgtcatatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gataagaa