1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
AACCAATACGGGCAATGCTTGGAGGACGTCTAAGATTTGTTCTTTGTGGTGGTGCACCTCTGTCAAGTGACACACAAAGATTTATGAATATATGTCTAGGgtaatgtcttctcccctgcttatctcaaattacaatttattatcttagctgatcgaatgtatggtataatatgattcttagttatggaacagtatatcat...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G840955_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGCACCTCTGTCAAGTGACACACAAAGATTTATCGAATATATGTCTAGG TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGATTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGCEST: gi|60358827|gb|DN225800.1|DN225800
genomic: GTGCACCTCTGTCAAGTGACACACAAAGATTTAT-GAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGATTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGC
EST: GGTGCACCTCTGTCAAGTGACACACAAAGATTTATGAATATATGTCTAGG TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGATTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGCEST: gi|211306727|gb|FL367401.1|FL367401
genomic: GGTGCACCTCTGTCAAGTGACACACAAAGATTTATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGATTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGC
EST: GGTGCACCTCTGTCAAGTGACACACAAAGATTTATGAATATATGTCTAGG TGTCCCAGTCGGTCAAGGCTATGGATTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGCEST: gi|56382586|gb|CV985255.1|CV985255
genomic: GGTGCACCTCTGTCAAGTGACACACAAAGATTTATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGATTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGC
EST: TGAATATATGTCTAGG TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGATTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGC
genomic: TGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGATTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AACCAATACGGGCAATGCTTGGAGGACGTCTAAGATTTGTTCTTTGTGGTGGTGCACCTCTGTCAAGTGACACACAAAGATTTATGAATATATGTCTAGGgtaatgtcttctcccctgcttatctcaaattacaatttattatcttagctgatcgaatgtatggtataatatgattcttagttatggaacagtatatcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cccctgc