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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATTGGACGCGGCCAGCTTCCATCTCTCGGTCACCTCCCTCTACATCCCACGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacacggtatgcttctctgctcaggtttctagatgatattctgggtttagagattgggggttccaacgtgtaatcgtcttgtgttttattttcga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G824831_T04
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211264915|gb|FL208731.1|FL208731
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
EST: gi|211156519|gb|FL164233.1|FL164233
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGGTCTGCACACG               
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-C-CT-C----TC--CA-A-Ggtctgcacac ...
EST: gi|211264913|gb|FL208729.1|FL208729
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
EST: gi|211264914|gb|FL208730.1|FL208730
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
EST: gi|211264910|gb|FL208726.1|FL208726
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
EST: gi|148987620|gb|EE031494.2|EE031494
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGGTCTGCACACGCAG            
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-----CC----TCT-C-CA---AGgtctgcacac .
EST: gi|74241051|gb|DT648965.1|DT648965
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGGTCTGCACACG               
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-C-CT-C----TC--CA-A-Ggtctgcacac ...
EST: gi|211264911|gb|FL208727.1|FL208727
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-CTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
EST: gi|211264909|gb|FL208725.1|FL208725
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
EST: gi|149076954|gb|EE165611.2|EE165611
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
EST: gi|91875485|gb|EB405442.1|EB405442
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGGTCTGCACACG               
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-C-CT-C----TC--CA-A-Ggtctgcacac ...
EST: gi|71447361|gb|DR828411.1|DR828411
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGGTCTGCACACG               
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-C-CT-C----TC--CA-A-Ggtctgcacac ...
EST: gi|211504926|gb|FL311934.1|FL311934
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
EST: gi|78112697|gb|DV531091.1|DV531091
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGGTCTGCACACGCAG            
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-----CC----TCT-C-CA---AGgtctgcacac .
EST: gi|148952476|gb|EC898302.2|EC898302
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
EST: gi|148956338|gb|EC902144.2|EC902144
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGGTCTGCACACGCAG            
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-----CC----TCT-C-CA---AGgtctgcacac .
EST: gi|71445140|gb|DR826190.1|DR826190
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGGTCTGCACACG               
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-C-CT-C----TC--CA-A-Ggtctgcacac ...
EST: gi|148931204|gb|EC873960.2|EC873960
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGCAG                       
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCC-A--AGgtctgcacac ... ttgccagc
EST: gi|211264912|gb|FL208728.1|FL208728
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-CTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
EST: gi|211264908|gb|FL208724.1|FL208724
EST:     CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGG-CTCTCCAAG                         GAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG
genomic: CGGCCGCTACCACCTTCCCTCTACCTCACACGGCCGCCGGCCTCTCCAAGgtctgcacac ... ttgccagcagGAAAAACCTTGCCACGAGTCGCCGACACTCCATCCCGGAAGAGCTAACGAG