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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCGCTACAAGTACAGCGGCGTCGACCACTCGCTCGTCGCCAAGTACATCCTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcctcctctcccgttcccccctctctctttggttattgcttctccgtccgtgctctccgttgccaaatgcgtcttgcgagcgattggttttcc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G466281_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G466281_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os02g02750.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
GGCGCTACAAGTACAGCGGCGTCGACCACTCGCTCGTCGCCAAGTACATCCTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcctcctctcccg---ttcccccctctctctttggttattgcttctccgtccgtgctctccgttgccaaatgcgtcttgcgagcgattggttttcc---
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GGAGGTACAAGTACAGCGGCGTCGACCACTCGCTCGTCGCCAAGTACATCCTCCAGCCCTTCTGGTCACGATTCGTCAACCTCTTCCCGCTCTGGTTCCCgtaagcgccgcgccccctcgaatttctttcctttccttttcttttcttccattccaccagtgtt-----ttgatccgtgccttgt-caagctcctggctttcgcca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211250318|gb|FL201841.1|FL201841
EST:     TCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTTSCC                         ACCGAACATG
genomic: TCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTC-CCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|101388019|gb|EB816024.1|EB816024
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|76933447|gb|DV173462.1|DV173462
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|78108358|gb|DV526776.1|DV526776
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|76284393|gb|DV023961.1|DV023961
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|211250321|gb|FL201844.1|FL201844
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|211250315|gb|FL201838.1|FL201838
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|148930548|gb|EE285169.2|EE285169
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|148948015|gb|EC893516.2|EC893516
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|149095953|gb|EE181619.2|EE181619
EST:     CTCCAGGCCTTCTGGTCCCGATTCGACAACATCTTCCCGCTACGCTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|211250319|gb|FL201842.1|FL201842
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|149085392|gb|EE174899.2|EE174899
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|88756189|gb|DY540330.1|DY540330
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|211250320|gb|FL201843.1|FL201843
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTTCC                         ACNNAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|88756155|gb|DY540296.1|DY540296
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG
EST: gi|211250316|gb|FL201839.1|FL201839
EST:     CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTKNCC                         ACCGAACATG
genomic: CTCCAGCCCTTCTGGTCCCGATTCGTCAACATCTTCCCGCTATGGTTCCCgtaagccgcc ... tgatctgcagACCGAACATG