1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
AATCACCACGCCGCGGTGCTCCCGCTCCCTGCCGGCGCAGACCTCTCCCGCTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcactctagtcttccctcttaccgctacaccttcttaattactagtattatggactagtagcttcctacaatagtaagtacagtagatctcttc...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G451366_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAAAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211226852|gb|FK998492.1|FK998492
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|91869089|gb|EB400264.1|EB400264
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211228910|gb|FK998504.1|FK998504
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAT AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211228908|gb|FK998502.1|FK998502
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|91052384|gb|EB162802.1|EB162802
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211226848|gb|FK998488.1|FK998488
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211226850|gb|FK998490.1|FK998490
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|148957547|gb|EC903641.2|EC903641
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211228906|gb|FK998500.1|FK998500
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211226842|gb|FK998482.1|FK998482
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|101402114|gb|EB822664.1|EB822664
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211226846|gb|FK998486.1|FK998486
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211078056|gb|FL217285.1|FL217285
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211228907|gb|FK998501.1|FK998501
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|149084005|gb|EE173399.2|EE173399
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|148934012|gb|EC878017.2|EC878017
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCEST: gi|149109140|gb|EE190033.2|EE190033
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCC
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|71326877|gb|DR800096.1|DR800096
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211228909|gb|FK998503.1|FK998503
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211228901|gb|FK998495.1|FK998495
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAA-CAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|211226849|gb|FK998489.1|FK998489
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAACTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|148933788|gb|EC877732.2|EC877732
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|50335646|gb|CO530772.1|CO530772
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGAEST: gi|71440389|gb|DR821439.1|DR821439
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG AGTACCTGGTGGAGNNNNNNNCAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCG
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAG-AAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATCACCACGCCGCGGTGCTCCCGCTCCCTGCCGGCGCAGACCTCTCCCGCTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcactctagtcttccctcttaccgctacaccttcttaattactagtattatggactagtagcttcctacaatagtaagtacagtagatctcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC