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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACTCCGCAAGAAGATCACCTCCCACTGGCCCAAGCTTCCCGCGGACTCCAAGGCATCGCTTAAACAAGCCCTCATCGATTCAATCACACTCGACCACAGgttctttgctaaatacctatcaccaacccttctacacatgtctgcctcagaatctgcacgctttcaattcactcaaattgtgcatttggccatttgccta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G408305_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87153573|gb|DY398362.1|DY398362
EST:     AAGGCATCGCTTAAACAAGCCCTCATCGATTCAATCACACTCGACCACAG                         TCATCCTGTAAGGCGAGCTAGTGCAAATGTCGTCAGCATTATAGCTAAGTA
genomic: AAGGCATCGCTTAAACAAGCCCTCATCGATTCAATCACACTCGACCACAGgttctttgct ... ttttatgcagTCATCCTGTAAGGCGAGCTAGTGCAAATGTCGTCAGCATTATAGCTAAGTA
EST: gi|22490480|gb|BU050403.1|BU050403
EST:     AAGGCATCGCTTAAACAAGCCCTCATCGATTCAATCACACTCGACCACAG                         TCATCCTGTAAGGCGAGCTAGTGCAAATGTCGTCAGCATTATAGCTAAGTA
genomic: AAGGCATCGCTTAAACAAGCCCTCATCGATTCAATCACACTCGACCACAGgttctttgct ... ttttatgcagTCATCCTGTAAGGCGAGCTAGTGCAAATGTCGTCAGCATTATAGCTAAGTA