Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCGCATCTGCCAAGGGGCTCGCCGCCGGGGAGGCTGCTCGCGGTGCCGCGCTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctctctccctccctcgcatctcttgtctcctagccctagcttatctgatccctcacttcgtgagctaactcgtcccgcttccccgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G324540_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211231050|gb|FL343816.1|FL343816
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211104072|gb|FL353160.1|FL353160
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAANAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211270237|gb|FL344649.1|FL344649
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAANAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211156212|gb|FL365662.1|FL365662
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211262703|gb|FL336157.1|FL336157
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211089285|gb|FL354017.1|FL354017
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211206059|gb|FL353696.1|FL353696
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211228973|gb|FL343790.1|FL343790
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211232319|gb|FK959916.1|FK959916
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211040670|gb|FL334591.1|FL334591
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211158673|gb|FL319015.1|FL319015
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211165501|gb|FL341377.1|FL341377
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211227097|gb|FL350438.1|FL350438
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211108070|gb|FL361613.1|FL361613
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211411946|gb|FL334072.1|FL334072
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211399607|gb|FL346420.1|FL346420
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211444525|gb|FL325223.1|FL325223
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGTCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211050070|gb|FL348912.1|FL348912
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|9254345|gb|BE344813.1|BE344813
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTTTATATAAGTCGGGGCTA
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGA-AGAAGTCGGGGCTA
EST: gi|211367120|gb|FL319134.1|FL319134
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211078212|gb|FL339583.1|FL339583
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211096168|gb|FL332998.1|FL332998
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211263385|gb|FL364888.1|FL364888
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211320067|gb|FL327288.1|FL327288
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAANAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211262919|gb|FL344603.1|FL344603
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211012592|gb|FL327139.1|FL327139
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTTTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211180977|gb|FL324623.1|FL324623
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211162340|gb|FL348127.1|FL348127
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211320874|gb|FL365294.1|FL365294
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211411809|gb|FL328773.1|FL328773
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211170529|gb|FL341423.1|FL341423
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211306361|gb|FL348172.1|FL348172
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211314342|gb|FL341215.1|FL341215
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211203613|gb|FL359994.1|FL359994
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|148945896|gb|EC891188.2|EC891188
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|67020062|gb|CO448811.1|CO448811
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCGGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGACGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211444176|gb|FL306971.1|FL306971
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
EST: gi|211108071|gb|FL361614.1|FL361614
EST:     CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGA                         TCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC
genomic: CTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 43

CCGCATCTGCCAAGGGGCTCGCCGCCGGGGAGGCTGCTCGCGGTGCCGCGCTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTACTCTTCGAGCGGCGGCTCATCGAGCGCTACATTGAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 13

CCGCATCTGCCAAGGGGCTCGCCGCCGGGGAGGCTGCTCGCGGTGCCGCGCTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTACTCTTCGAGCGGCGGCTCATCGAGCGCTACATTGAG


Block sizes: 43 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 5

CCGCATCTGCCAAGGGGCTCGCCGCCGGGGAGGCTGCTCGCGGTGCCGCGCTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTACTCTTCGAGCGGCGGCTCATCGAGCGCTACATTGAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 19

CCGCATCTGCCAAGGGGCTCGCCGCCGGGGAGGCTGCTCGCGGTGCCGCGCTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctc ... ttccccgtagTCTCCGGCGAGGTGCCGGACGAGCCGGTCGTGTCGAAGAAGTCGGGGCTACTCTTCGAGCGGCGGCTCATCGAGCGCTACATTGAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCGCATCTGCCAAGGGGCTCGCCGCCGGGGAGGCTGCTCGCGGTGCCGCGCTCTCTCCCGCGCCCGACCTTGGCCCTCCCCTCCTCCATGATCTGCGCGAgtaatgcctctctccctccctcgcatctcttgtctcctagccctagcttatctgatccctcacttcgtgagctaactcgtcccgcttccccgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC