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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCCTCTCCGTCGCCGCCTCTCGCCAGGTCGTTTCCAAGCCCCGTTGGGGGCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCGgtaaggcttctcctcccgagatcggtccccttggaaactatgtcacgtggctcatctggcactcgtagatctcgcgcagaatcgcttgtcgtgttcgtgt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G178546_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31350805|gb|CD435162.1|CD435162
EST:     GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCG                         AATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
genomic: GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCGgtaaggcttc ... tccaatacagAATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
EST: gi|91871882|gb|EB401839.1|EB401839
EST:     GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCG                         AATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
genomic: GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCGgtaaggcttc ... tccaatacagAATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
EST: gi|211494512|gb|FL429952.1|FL429952
EST:     GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCG                         AATGCAGGGCCCTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
genomic: GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCGgtaaggcttc ... tccaatacagAATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
EST: gi|211365574|gb|FL253436.1|FL253436
EST:     GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCG                         AATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
genomic: GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCGgtaaggcttc ... tccaatacagAATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
EST: gi|149101959|gb|EE287477.2|EE287477
EST:     GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCG                         AATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
genomic: GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCGgtaaggcttc ... tccaatacagAATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
EST: gi|89252928|gb|DY624714.1|DY624714
EST:     GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCG                         AATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
genomic: GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCGgtaaggcttc ... tccaatacagAATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
EST: gi|148937901|gb|EC882124.2|EC882124
EST:     GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCG                         AATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
genomic: GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCGgtaaggcttc ... tccaatacagAATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
EST: gi|93281239|gb|EB673503.1|EB673503
EST:     GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCG                         AATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC
genomic: GCCTCGCCGGCGCCGGCATTGGATATAACCTCGCCCGCTACCTCCGTCCGgtaaggcttc ... tccaatacagAATGCAGGGCCTTGATATTTAATGGGCTGGAGGTGGTACATGCATGTTCGC