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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAACCTCCTCCTGCTCGTCGGCTACCTCCTGCTCGTCCTCCTCGCCAAGCTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggctctggcctctggctgcagcacctgcatctgcatgcacgcactaccgcgtgccactcttcacagatcttcgacatgcatgcgtaccgtacgtacgtgtggtcgccagtcgccacgctcacactttgccttgtttctgtgtgtatggccgcgtccgcgtgcacagtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G175398_T04
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78074052|gb|DV502486.1|DV502486
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EST: gi|74234919|gb|DT642833.1|DT642833
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EST: gi|76290210|gb|DV029778.1|DV029778
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EST: gi|89762338|gb|DY689969.1|DY689969
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EST: gi|149009131|gb|EE041271.2|EE041271
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EST: gi|148969474|gb|EE020288.2|EE020288
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EST: gi|71426301|gb|DR807351.1|DR807351
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EST: gi|148971193|gb|EE022048.2|EE022048
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EST: gi|78075667|gb|DV504101.1|DV504101
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EST: gi|149109762|gb|EE293554.2|EE293554
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EST: gi|71331922|gb|DR802850.1|DR802850
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EST: gi|149060840|gb|EE157292.2|EE157292
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... tgcacagtagT-G-G-TTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|149014062|gb|EE043587.2|EE043587
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
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EST: gi|148956242|gb|EC902037.2|EC902037
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
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EST: gi|148951497|gb|EC897224.2|EC897224
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... tgcacagtagT-G-G-TTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|89756293|gb|DY686368.1|DY686368
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... tgcacagtagT-G-G-TTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|76293348|gb|DV032916.1|DV032916
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
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EST: gi|76912519|gb|DV164772.1|DV164772
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... tgcacagtagT-G-G-TTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|149040121|gb|EE046772.2|EE046772
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... tgcacagtagT-G-G-TTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|76936968|gb|DV174985.1|DV174985
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
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EST: gi|148944101|gb|EC889186.2|EC889186
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... tgcacagtagT-G-G-TTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|71326960|gb|DR800138.1|DR800138
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... tgcacagtagT-G-G-TTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|148994440|gb|EE034086.2|EE034086
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genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... tgcacagtagT-G-G-TTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 17 (downstream exon)
Score: 1

TCAACCTCCTCCTGCTCGTCGGCTACCTCCTGCTCGTCCTCCTCGCCAAGCTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... tgcacagtagTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGAAGCCACGGCCACCGATGACGAAGAGTACGCCGCCGCGGATACCGTCGAAGGG




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