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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACTCCATCACTTGTCGCTACTCACCAGATTGCCCCGCGCCCATGCTGCTGTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCGgttggtgcccctcaatcttggatcttccgcttcgcctcctccctgatcctcgaatattgtcgcttatggaccgagcgtcgtgacggctttccttcctatcttcttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G172152_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211469711|gb|FK976572.1|FK976572
EST:     GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCG                         CAGATCTCTGGCGCA
genomic: GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCGgttggtgccc ... cttcttgcagCAGATCTCTGGCGCA
EST: gi|76291510|gb|DV031078.1|DV031078
EST:     GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCG                         CAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT
genomic: GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCGgttggtgccc ... cttcttgcagCAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT
EST: gi|211469712|gb|FK976573.1|FK976573
EST:     GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCG                         CAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGAGTCATACTT
genomic: GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCGgttggtgccc ... cttcttgcagCAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT
EST: gi|211469708|gb|FK976569.1|FK976569
EST:     GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCG                         CAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGAGTCATACTT
genomic: GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCGgttggtgccc ... cttcttgcagCAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT
EST: gi|211469713|gb|FK976574.1|FK976574
EST:     GTGGCGGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCG                         CAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGAGTCATACTT
genomic: GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCGgttggtgccc ... cttcttgcagCAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT
EST: gi|91055455|gb|EB165873.1|EB165873
EST:     GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCG                         CAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT
genomic: GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCGgttggtgccc ... cttcttgcagCAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT
EST: gi|50322808|gb|CO517934.1|CO517934
EST:     GTGGCCGCCCAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCG                         CAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT
genomic: GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCGgttggtgccc ... cttcttgcagCAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT
EST: gi|91878802|gb|EB408759.1|EB408759
EST:     GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCG                         CAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT
genomic: GTGGCCGCCTAGCTCGTGATCCTGTTCTCCTACCCACAAGTTGCGATTCGgttggtgccc ... cttcttgcagCAGATCTCTGGCGCAGCCATCGAATCCATCCTTTGTCCTTGACTCATACTT