Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTATTGTTGACGAGAGCAGTTCTAGGCCCCCAGAAAAGAAGCCGAGATCTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgccattgctgcatcaatataggcctgtttgttaatgcttacatgttgtcttttgtatgaatctctgaggctgactatcgtgatgcataacagca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G145034_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G145034_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os01g34190.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
---AGTTATTGTTGACGAGAGCAGTTCTAGGCCCCCAGAAAAGAAGCCGAGATCTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgc-----cattgctgcatcaatataggcctgtttgttaatgcttacatgttgtcttttgtatgaatctctgaggctgactatcgtgatgcataacagca
   ||| ||||| ||||| | ||| || | ||    |||||||||||| | |||||||||||||||||| |  || ||||||||| |||| ||||| || ||||| ||| |     |||  || | | |   ||     | |    |    | | | ||||  ||| ||  |  | | ||    |  |   | | ||| |        
AGGAGTAATTGTGGACGAAAACAGCTCCAAGCA---AGAAAAGAAGCCAAAATCTGTCAACTTTGATGGCCCTCCGACACGAGTTCTGCTCCTCCGTAATATGgtgaatacttctacatgacttctttatattataagagctctgcatctatcagaggttgcatttggtcagggtgtgtggtttttgcacgcataatgaactt-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78105301|gb|DV523719.1|DV523719
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|8383259|gb|BE056202.1|BE056202
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|78087488|gb|DV515881.1|DV515881
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|78083247|gb|DV511640.1|DV511640
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|71445946|gb|DR826996.1|DR826996
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|32792554|gb|CD944790.1|CD944790
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|78121818|gb|DV540202.1|DV540202
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|211480437|gb|FL214847.1|FL214847
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|45846871|gb|CN070814.1|CN070814
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|88748307|gb|DY532448.1|DY532448
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|12970288|gb|BG266908.1|BG266908
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|71315726|gb|DR794497.1|DR794497
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|4827727|gb|AI668419.1|AI668419
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|78104421|gb|DV522839.1|DV522839
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|89759743|gb|DY688463.1|DY688463
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|211370415|gb|FL457550.1|FL457550
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCT-STCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|94473440|gb|EB702398.1|EB702398
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGTTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|76019852|gb|DT947022.1|DT947022
EST:     TGTCAACTTTGATGGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: TGTCAACTTTGAT-GGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|71423257|gb|DR805993.1|DR805993
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|76017273|gb|DT944443.1|DT944443
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|89248726|gb|DY620512.1|DY620512
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|211519626|gb|FL444069.1|FL444069
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|148990974|gb|EE032406.2|EE032406
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|71304259|gb|DR788245.1|DR788245
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|32806169|gb|CD958403.1|CD958403
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
EST: gi|32936130|gb|CF040942.1|CF040942
EST:     CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCCCCGCAACATG                         GTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG
genomic: CTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 131

AGTTATTGTTGACGAGAGCAGTTCTAGGCCCCCAGAAAAGAAGCCGAGATCTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAGTGTGCCAAGTATGGGACGGTTTCTCGGGTGCTGATATTTGAGATCACAC


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 73

AGTTATTGTTGACGAGAGCAGTTCTAGGCCCCCAGAAAAGAAGCCGAGATCTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAGTGTGCCAAGTATGGGACGGTTTCTCGGGTGCTGATATTTGAGATCACAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 75

AGTTATTGTTGACGAGAGCAGTTCTAGGCCCCCAGAAAAGAAGCCGAGATCTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAGTGTGCCAAGTATGGGACGGTTTCTCGGGTGCTGATATTTGAGATCACAC


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 85

AGTTATTGTTGACGAGAGCAGTTCTAGGCCCCCAGAAAAGAAGCCGAGATCTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgcca ... atatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAGTGTGCCAAGTATGGGACGGTTTCTCGGGTGCTGATATTTGAGATCACAC


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTTATTGTTGACGAGAGCAGTTCTAGGCCCCCAGAAAAGAAGCCGAGATCTGTCAACTTTGATGGGCAACCAACACGAGTTTTGCTGCTCCGCAACATGgtaaatgccattgctgcatcaatataggcctgtttgttaatgcttacatgttgtcttttgtatgaatctctgaggctgactatcgtgatgcataacagca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT