1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
CTGTTCCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtttgtcagatggagttgctcatgtagttatgtacttacgtgtctgattaacatccttctacttcctatttttttccactttttatgttattgcgaccct...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G128121_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAG TGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCAEST: gi|211386006|gb|FL329690.1|FL329690
genomic: TGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtttgtcaga ... ttatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCA
EST: TTAGAGGACCAAATGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAG TGTTATGCAGCTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCAEST: gi|78180140|gb|DV550513.1|DV550513
genomic: TTAGAGGACCAAATGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtttgtcaga ... ttatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCA
EST: AACACTCACAG TGTTATGCAGCTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCAEST: gi|6859967|gb|AW355961.1|AW355961
genomic: AACACTCACAGgtttgtcaga ... ttatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCA
EST: CAACACTCACAG TGTTATGCAGCTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCA
genomic: CAACACTCACAGgtttgtcaga ... ttatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTGTTCCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtttgtcagatggagttgctcatgtagttatgtacttacgtgtctgattaacatccttctacttcctatttttttccactttttatgttattgcgaccct
- - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA