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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTTTTTACGCCGGCGGAAATCAACCTGCGCCGCTGCCTTCTCCGTTCTCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccctccggagccctagtttccaacctccgcttctcgctccgtgtgctctgagatcctagctttgtcaactcatggtcacgccccgcctcgctcggctgctcgtttcttggtgctcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117544_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211037010|gb|FL157523.1|FL157523
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|211034558|gb|FL157504.1|FL157504
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211034566|gb|FL157512.1|FL157512
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211034564|gb|FL157510.1|FL157510
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|89247888|gb|DY619674.1|DY619674
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211039454|gb|FL157534.1|FL157534
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|211032115|gb|FL157499.1|FL157499
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCTATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|211034563|gb|FL157509.1|FL157509
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211034554|gb|FL157500.1|FL157500
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211037006|gb|FL157519.1|FL157519
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EST: gi|76288304|gb|DV027872.1|DV027872
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EST: gi|211037014|gb|FL157527.1|FL157527
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGYCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|89758446|gb|DY687621.1|DY687621
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|211039456|gb|FL157536.1|FL157536
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|211034565|gb|FL157511.1|FL157511
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EST: gi|211034561|gb|FL157507.1|FL157507
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|211037004|gb|FL157517.1|FL157517
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|211037002|gb|FL157515.1|FL157515
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|211037003|gb|FL157516.1|FL157516
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGC-CAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211034555|gb|FL157501.1|FL157501
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211034559|gb|FL157505.1|FL157505
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|211037013|gb|FL157526.1|FL157526
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|148987000|gb|EE030820.2|EE030820
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
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EST: gi|211032114|gb|FL157498.1|FL157498
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genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211034556|gb|FL157502.1|FL157502
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EST: gi|211032113|gb|FL157497.1|FL157497
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genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|67012342|gb|CO441091.1|CO441091
EST:     CGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: CGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211037008|gb|FL157521.1|FL157521
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211032111|gb|FL157495.1|FL157495
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAAGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211034567|gb|FL157513.1|FL157513
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211037015|gb|FL157528.1|FL157528
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211034560|gb|FL157506.1|FL157506
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211034557|gb|FL157503.1|FL157503
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
EST: gi|211037011|gb|FL157524.1|FL157524
EST:     TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCG                         ATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC
genomic: TCGCCGTCGCCTCCGCCTCCGCTGCCGCCGCGCAGGTCAGGGTCATGTCGgtgagtgccc ... tggtgctcagATCTTCGAGTACAACGGGAGCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGC