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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTGCGATTGTCCCTCCCGCTGCAAGGAGCACATGCTTCTCGCCGCGCCGTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcccatctcctcgttctcctcgattccgccggtcgattagggttcgagtcggtgtcgccgcacatcagtcgcgctgaaagattgttagctttgtcatctgagctccccgcgctgtgctcaccgattcccctctggatctcgcccatccagcgaggtctcacgaattagtgcatgggtttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107106_T02
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211112037|gb|FL390926.1|FL390926
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|87157624|gb|DY402413.1|DY402413
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|71765408|gb|DR963345.1|DR963345
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|26559761|gb|CA831996.1|CA831996
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|26559278|gb|CA831513.1|CA831513
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|71439462|gb|DR820512.1|DR820512
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|74243877|gb|DT651791.1|DT651791
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|74238077|gb|DT645991.1|DT645991
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|211157842|gb|FL370480.1|FL370480
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|148973713|gb|EE024841.2|EE024841
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
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EST: gi|71439479|gb|DR820529.1|DR820529
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|31353283|gb|CD437640.1|CD437640
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|211431782|gb|FL408913.1|FL408913
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|37418046|gb|CF646683.1|CF646683
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|211019422|gb|FL374992.1|FL374992
EST:     TTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: TTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|37417359|gb|CF646332.1|CF646332
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|87157437|gb|DY402226.1|DY402226
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|211487436|gb|FL377864.1|FL377864
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|22542254|gb|BU092692.1|BU092692
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|22819789|gb|BU499879.1|BU499879
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCGCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|71313389|gb|DR793245.1|DR793245
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|71446967|gb|DR828017.1|DR828017
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|148947916|gb|EC893413.2|EC893413
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
EST: gi|78115667|gb|DV534055.1|DV534055
EST:     GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAG                         GTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG
genomic: GTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcc ... gggtttgcagGTCGACAGGCGCAGCCAGTCCGCCGGGAAGCGCGCCCGCACCGACG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GTCTGCGATTGTCCCTCCCGCTGCAAGGAGCACATGCTTCTCGCCGCGCCGTTAGCCCGCCGCCGCCACCACCGGTTCACCTTCAGCTATGTCTTCTCAGgtaccgctcccatctcctcgttctcctcgattccgccggtcgattagggttcgagtcggtgtcgccgcacatcagtcgcgctgaaagattgttagctttgtcatctgagctccccgcgctgtgctcaccgattcccctctggatctcgcccatccagcgaggtctcacgaattagtgcatgggtttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT