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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCGCAGCCATGAACGCCTTCAGGTTCCTCGGGGACATGACCCACCTCTTCTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgtatcagcgatttcgaccgcccgttaggggggcttgccgcttacagatctgggcgccaccgcgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101413_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101413_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os05g45310.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
GCCGCAGCCATGAACGCCTTCAGGTTCCTCGGGGACATGACCCACCTCTTCTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgtatcagc-------------gatttcgaccgcccgtt--------aggggggcttgccgcttacagatctgggcgccaccgcgcag
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GCTTCAGCCATGAACGCCTTTCGGTTCCTCGGGGACATGACCCACCTCTTCTCGGTCCTCGTCCTCCTGCTCAAGATCTACGCCACGAAATCCTGCTCAGgtgagcccgagccgtacagtgggggtagggtttcggccgcttggttgggggtgggggggattctccgctcacggatctgtgtgttg--gcgcag

upper sequence: GRMZM2G101413_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA08G12570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GCCGCAGCCATGAACGCCTTCAGGTTCCTCGGGGACATGACCCACCTCTTCTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaa-------gccgtatcagcga--tttcgaccgcccgttaggggggcttgccgct-tacagatctgggcgccaccgcgcag--------------------------------------------------------------------------------
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GCAAAAACCATGAACATCTTCAGGCTCGCCGGTGACATGACCCATCTTTTCAGCATTCTCGTCCTCCTCCTCAAAATCTACGCCACCAAATCATGTTCAGgtctctctctcgcggttcccccaaaattggggctattttttattctatttttcaaatgttcattctcgagtgtcactccgtcactcacattcctccgccaaacaaaatttcctatgtttgatttccatcattttaccgattgtttggaactgttatttttcag

upper sequence: GRMZM2G101413_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA05G29410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GCCGCAGCCATGAACGCCTTCAGGTTCCTCGGGGACATGACCCACCTCTTCTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgtatcagcgatttcgaccgcccgttaggggggcttgccgcttacaga-----tctgggcgccaccgcgcag----------------------
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GCAAAAACCATGAACATCTTCAGGCTCGCCGGTGATATGACCCATCTTCTCAGCATTCTCGTCCTCCTCCTCAAAATCTACGCCACCAAATCATGCTCAGgtctcttcactcttcattctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctttctcttttctcgcggttcccccaaaattggggctatt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76914884|gb|DV165734.1|DV165734
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211254102|gb|FL390487.1|FL390487
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211429177|gb|FL408896.1|FL408896
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST: gi|211441970|gb|FL416341.1|FL416341
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGARCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST: gi|71332207|gb|DR803027.1|DR803027
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST: gi|91874972|gb|EB404929.1|EB404929
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST: gi|211264707|gb|FL427148.1|FL427148
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGT-C--CTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST: gi|149082455|gb|EE171645.2|EE171645
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST: gi|211299206|gb|FL414893.1|FL414893
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST: gi|211098010|gb|FL420461.1|FL420461
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|74243070|gb|DT650984.1|DT650984
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EST: gi|67014344|gb|CO443093.1|CO443093
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
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EST: gi|211025373|gb|FL421218.1|FL421218
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211488630|gb|FL426433.1|FL426433
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211540041|gb|FL424357.1|FL424357
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|148943937|gb|EC889017.2|EC889017
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|22472670|gb|BU037150.1|BU037150
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211163058|gb|FL403918.1|FL403918
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTMAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211209399|gb|FL384247.1|FL384247
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211288230|gb|FL395508.1|FL395508
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211206679|gb|FL379521.1|FL379521
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211119295|gb|FL407774.1|FL407774
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|76012125|gb|DT939295.1|DT939295
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211463720|gb|FL386691.1|FL386691
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|148990937|gb|EE032363.2|EE032363
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|101390412|gb|EB817140.1|EB817140
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211353439|gb|FL403686.1|FL403686
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211449466|gb|FL373066.1|FL373066
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGT-C--CTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
EST: gi|211325768|gb|FL396595.1|FL396595
EST:     CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAG                         GGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT
genomic: CTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 187

GCCGCAGCCATGAACGCCTTCAGGTTCCTCGGGGACATGACCCACCTCTTCTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGTACCTGGACCTCTTCACGGATTATGTCTCGCTCTACAACTCGGTGATGAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 164

GCCGCAGCCATGAACGCCTTCAGGTTCCTCGGGGACATGACCCACCTCTTCTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGTACCTGGACCTCTTCACGGATTATGTCTCGCTCTACAACTCGGTGATGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 127

GCCGCAGCCATGAACGCCTTCAGGTTCCTCGGGGACATGACCCACCTCTTCTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGTACCTGGACCTCTTCACGGATTATGTCTCGCTCTACAACTCGGTGATGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 205

GCCGCAGCCATGAACGCCTTCAGGTTCCTCGGGGACATGACCCACCTCTTCTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgta ... caccgcgcagGGGTGTCGAGGAAGACGCAGGAGCTGTACATGTTGGTGTTCGTGGCGAGGTACCTGGACCTCTTCACGGATTATGTCTCGCTCTACAACTCGGTGATGAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCCGCAGCCATGAACGCCTTCAGGTTCCTCGGGGACATGACCCACCTCTTCTCGGTCCTCGTCCTCCTCCTCAAGATCTACGCCACCAAGTCCTGCTCAGgtaagccgtatcagcgatttcgaccgcccgttaggggggcttgccgcttacagatctgggcgccaccgcgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
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