Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGAGTGCCTCCGCGCCCCTGACGACGGAGCCGTCGCGCTCGACTGGGTCTCTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgctccttacccgctcggcgcttgcggcccattgcagaactgactgcactgcacacgcaggaggtgtagtgcgtgctcttttaagcgaataagc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G100716_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G100716_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os02g43340.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
CGAGTGCCTCCGCGCCCCTGACGACGGAGCCGTCGCGCTCGACTGGGTCTCTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacgg-tgctccttacccgctcggcg-cttgcggcccattgcagaactgactgcactgcacacgcaggaggtgtagtgcgtgctcttttaagcgaataagc-
||||||||||||| | || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || || |||||||| |||||| ||||| | || ||| ||| |||| | || | | |||| | ||| ||| ||| | || | || | ||| | || || | | |
CGAGTGCCTCCGCACGCCCGACGATGGCGCCGTCGCGCTCGACTGGGTCTCCGGCGACGACCGTGCGCTTCCGCGGGACGCGCCGGTGCTCATACTCCTGgtatgcctgtcgctttccctctcgtagtctcgtgtgtggttgc-gcgctgtatgc-ctgtatacatcgagcgt-caatgcatttgctggtagttagaaatgaa

upper sequence: GRMZM2G100716_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA12G01650.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
CGAGTGCCTCCGCGCCCCTGACGACGGAGCCGTCGCGCTCGACTGGGTCTCTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgctccttacccgctcggcgcttgcggcccattgcagaactgactgcactgcacacgcaggaggtgtagtgcgtgctcttttaagcgaataagc
|||||||||| | ||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | || ||| |||| | || || | ||||| | | || || || || | || | | | |||| ||| |
CGAGTGCCTCAGGACCCAGGACGGCGGCGCCGTCGCCCTCGACTGGGTCTCCGGCGACGACCGTCGCTTGCCCCCCGATTCTCCACTCCTCATCTTGTTGgtctg----ttctaacaaaaaaaaaaaactttttttatcttccaattttttg---ttaatgtgaaggaaatgtgcag-----------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101397982|gb|EB820868.1|EB820868
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
EST: gi|148969319|gb|EE020095.2|EE020095
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
EST: gi|149081011|gb|EE170111.2|EE170111
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
EST: gi|149072583|gb|EE286142.2|EE286142
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
EST: gi|101392159|gb|EB818007.1|EB818007
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
EST: gi|149090298|gb|EE179602.2|EE179602
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
EST: gi|110195333|gb|EC877230.1|EC877230
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATAATGTAAAGGCATATGCTTA
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATA-TGTAA-GGCATATGCTTA
EST: gi|71308770|gb|DR790622.1|DR790622
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
EST: gi|74244321|gb|DT652235.1|DT652235
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
EST: gi|101391105|gb|EB817486.1|EB817486
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
EST: gi|78112100|gb|DV530496.1|DV530496
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
EST: gi|78111728|gb|DV530125.1|DV530125
EST:     CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTG                         CCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG
genomic: CTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 38 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 37

CGAGTGCCTCCGCGCCCCTGACGACGGAGCCGTCGCGCTCGACTGGGTCTCTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATGAGAGCTAGAAGCAAGGGATGGCGTGTTGTGGTGTTTAATAGCCGTGGAT


Block sizes: 46 (upstream exon), 41 (downstream exon)
Score: 13

CGAGTGCCTCCGCGCCCCTGACGACGGAGCCGTCGCGCTCGACTGGGTCTCTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATGAGAGCTAGAAGCAAGGGATGGCGTGTTGTGGTGTTTAATAGCCGTGGAT


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 4

CGAGTGCCTCCGCGCCCCTGACGACGGAGCCGTCGCGCTCGACTGGGTCTCTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATGAGAGCTAGAAGCAAGGGATGGCGTGTTGTGGTGTTTAATAGCCGTGGAT


Block sizes: 39 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 22

CGAGTGCCTCCGCGCCCCTGACGACGGAGCCGTCGCGCTCGACTGGGTCTCTGGCGACGACCGTGTGCTTCCGAATGATGCTCCGGTGCTTATACTCTTGgtacggtgct ... ttctttccagCCTGGTCTTACAGGTGGAAGTGATGATACATATGTAAGGCATATGCTTATGAGAGCTAGAAGCAAGGGATGGCGTGTTGTGGTGTTTAATAGCCGTGGAT