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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGCACATACTTCACCCGAAAAAAAGCTAAAGGGGTCACTGATTGGTGCTGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGGgtactgttccccctactgttcttgcttcccgtgtcctgaccatttcagtattcgttcttgttactgatggtgttcttgtgatgaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099862_T02
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211458411|gb|FL252574.1|FL252574
EST:     TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGG                         GGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
genomic: TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGGgtactgttcc ... tgtgatgaagGGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
EST: gi|211458410|gb|FL252573.1|FL252573
EST:     TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGG                         GGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
genomic: TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGGgtactgttcc ... tgtgatgaagGGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
EST: gi|71437242|gb|DR818292.1|DR818292
EST:     TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGG                         GGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
genomic: TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGGgtactgttcc ... tgtgatgaagGGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
EST: gi|71444723|gb|DR825773.1|DR825773
EST:     TAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGG                         GGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
genomic: TAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGGgtactgttcc ... tgtgatgaagGGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
EST: gi|211458409|gb|FL252572.1|FL252572
EST:     TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGG                         GGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTATCGAGGG
genomic: TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGGgtactgttcc ... tgtgatgaagGGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
EST: gi|78077453|gb|DV505887.1|DV505887
EST:     TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGG                         GGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
genomic: TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGGgtactgttcc ... tgtgatgaagGGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
EST: gi|30306791|gb|CD001464.1|CD001464
EST:     TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGG                         GGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
genomic: TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGGgtactgttcc ... tgtgatgaagGGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
EST: gi|76911661|gb|DV164370.1|DV164370
EST:     TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGG                         GGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG
genomic: TGCTTCCTTAAATCTTGCATGTGTGGGAACTAGGAGGCCATTGGTCACGGgtactgttcc ... tgtgatgaagGGTTGGGTCTGTGCTCAGGTGCCAGCAAGATGCAGGGTGTGTTGTCGAGGG