Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGTTAGTCCAGTTCCCGCTACTGACACGCGTGTTTCCTGGCCAGGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099352_T02
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CAGTTAGTCCAGTTCCCGCTACTGACACGCGTGTTTCCTGGCCAGGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttcctttgtact-tcctgagaacatgttcatttg------ttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataa-cag
                                             ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    | ||||||  |    |  |||||| ||  ||      || ||  |  |||       |   |  || ||||     ||  |||
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagt---tccttgtacaataaaaattacatgtgcaaatgtgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcag

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
CAGTTAGTCCAGTTCCCGCTACTGACACGCGTGTTTCCTGGCCAGGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgt--gagtgttcctttg--------tacttcctgagaacatgttcattt--gttagtgaatgcatctcgacagcct----ttgtctcttttaaaataacag
                                             |||||| ||||| || ||  | |   |||||||||| ||||||||||||||||||||  || || ||| |           | |||| || ||  |  |  ||   ||||  |||      | ||  ||      || |      |||  ||||  
---------------------------------------------GGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattggtccctcaactgctatcatttcccgaaaatgtactttttaaagttaaagaaacatgttagattgcaaaaaattatgctcggtaatgtaacg-

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S31_178V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
CAGTTAGTCCAGTTCCCGCTACTGACACGCGTGTTTCCTGGCCAGGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtg-agtgttcctt------tgtactt-----cctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctt-----tgtctcttt-taaaataacag
                                             ||||||||| || || ||  | |   | |||||||| ||||||||||||||||||||   ||   |  |      |||| ||     | |   ||| | ||  ||   |  || |   |  | ||||| | |     ||| | |||   ||||| |  
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGAGTGCTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatggtaacctctactggatgtagtttgagccattgaaacgttttgtttaactgatggacctag-tggacagtcgtatgaatgtatttttgcgaaatatc--

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
CAGTTAGTCCAGTTCCCGCTACTGACACGCGTGTTTCCTGGCCAGGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttcctt--tgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacag-------------
                                             ||||||||| || ||  |  | |   | |||||||| ||||||||||||||||||||   | |||  |  | ||  | ||  ||   || || ||   | ||| |   | ||    | |||     |      | ||  |               
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattctctactttatgtactttgagactgatctttgaatggtgtaattaactgattaacctactaatagaaacatatctcgaatacgtgaatttt

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S136_175V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
CAGTTAGTCCAGTTCCCGCTACTGACACGCGTGTTTCCTGGCCAGGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttcctttgtactt-----cctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacag-----------
                                             ||||||||| || || ||  | |   | |||||||| |||||||||||||||||||| | |||  |  ||| |||       ||  | |   |  |||  || | | || ||| | |  |    |  |  |        ||| |            
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGAGTGCTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgt-actgtgaccatgtgcttgatattttggaagccattgtattcctttgggtattcatttagtgatatgtcattccggacgccctaaaaaactccaagcat

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148940207|gb|EC884975.2|EC884975
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGGGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|6540618|gb|AW225280.1|AW225280
EST:     CAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: CAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|21828608|gb|BQ703292.1|BQ703292
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|28911403|gb|BM075425.2|BM075425
EST:     GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|5713842|gb|AI943827.1|AI943827
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|166645399|gb|EG158529.1|EG158529
EST:     TATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|16927388|gb|BM080457.1|BM080457
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|28911348|gb|BM074837.2|BM074837
EST:     GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88751339|gb|DY535480.1|DY535480
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|94478638|gb|EB707596.1|EB707596
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|89250739|gb|DY622525.1|DY622525
EST:     GCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|30306735|gb|CD001408.1|CD001408
EST:     CAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: CAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|32862940|gb|CF002622.1|CF002622
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|27521967|gb|CA989073.1|CA989073
EST:     GCTACGGTGTTTTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|71760680|gb|DR958617.1|DR958617
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|76019501|gb|DT946671.1|DT946671
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|148947929|gb|EC893426.2|EC893426
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|32865418|gb|CF005100.1|CF005100
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|5608080|gb|AI901747.1|AI901747
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211098205|gb|FL312088.1|FL312088
EST:     ATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: ATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|28911352|gb|BM348864.2|BM348864
EST:     GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|166568495|gb|EG206949.1|EG206949
EST:     CAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: CAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|47962772|gb|CN845481.1|CN845481
EST:     GGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTCGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|71425280|gb|DR806590.1|DR806590
EST:     TTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|6742594|gb|AW313409.1|AW313409
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|18383691|gb|BM416891.1|BM416891
EST:     AGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCCAAGAGCCCAGTCCATGAAGTTC
genomic: AGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|213186778|gb|FM188940.1|FM188940
EST:     GTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|32911113|gb|CF015925.1|CF015925
EST:     ACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: ACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|22520626|gb|BU079437.1|BU079437
EST:     CCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: CCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|60342368|gb|DN209341.1|DN209341
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88755067|gb|DY539208.1|DY539208
EST:     GCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAGTTAGTCCAGTTCCCGCTACTGACACGCGTGTTTCCTGGCCAGGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA