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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGTCGCTACTTCCCCAGTTCCCCTCCGATCCTCGTCGCCGACGCATCCACCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccccgattccccgctggctcccgtgccgtcctcccctcgccccggatctcgaattccttaccgtttcgccccccctacccatcgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G092975_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47962777|gb|CN845486.1|CN845486
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|211069213|gb|FL305343.1|FL305343
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|211071945|gb|FL305352.1|FL305352
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATRGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|211071940|gb|FL305347.1|FL305347
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|211071943|gb|FL305350.1|FL305350
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|113703164|gb|EE680668.1|EE680668
EST:     CTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|211071946|gb|FL305353.1|FL305353
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|50328692|gb|CO523818.1|CO523818
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|67017133|gb|CO445882.1|CO445882
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|148965852|gb|EE016749.2|EE016749
EST:     GCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: GCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|78180178|gb|DV550551.1|DV550551
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|148965851|gb|EE016748.2|EE016748
EST:     GCCTTGGCCATGTCG                         TTCTTGGAGTATAATGGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTG
genomic: GCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAAT-GGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTG
EST: gi|71329114|gb|DR801266.1|DR801266
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|6827536|gb|AW331179.1|AW331179
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGTTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|211069214|gb|FL305344.1|FL305344
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|67016388|gb|CO445137.1|CO445137
EST:     CTCCTCCGTGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|67041562|gb|CO467817.1|CO467817
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|91877573|gb|EB407530.1|EB407530
EST:     CTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|50323661|gb|CO518787.1|CO518787
EST:     CGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|67028880|gb|CO457629.1|CO457629
EST:     TCCGCGACCTTTCC-TCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGACGTTGGGGAAGAACTGT
genomic: TCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|211071942|gb|FL305349.1|FL305349
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|71438822|gb|DR819872.1|DR819872
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|76909375|gb|DV163351.1|DV163351
EST:     CTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|12046147|gb|BF728286.1|BF728286
EST:     CTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|71303012|gb|DR787617.1|DR787617
EST:     CCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|148973855|gb|EE024997.2|EE024997
EST:     GACCTCG-CGTTGCCGGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: GACCTCGCCGTCGCC-GCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|37393439|gb|CF633984.1|CF633984
EST:     CCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGAT-GTGGGGGAAGAACTG
genomic: CCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGT-GGGGAAGAACTG
EST: gi|40336492|gb|CK370562.1|CK370562
EST:     CTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|78107042|gb|DV525460.1|DV525460
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|211071941|gb|FL305348.1|FL305348
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|148973856|gb|EE024998.2|EE024998
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
EST: gi|211071944|gb|FL305351.1|FL305351
EST:     CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCG                         ATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT
genomic: CCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 271

CAGTCGCTACTTCCCCAGTTCCCCTCCGATCCTCGTCGCCGACGCATCCACCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGTTTCGCGATCGCCAGCGACCGGCGGCTGGGCGTGCAGCTTCAGACCATCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 166

CAGTCGCTACTTCCCCAGTTCCCCTCCGATCCTCGTCGCCGACGCATCCACCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGTTTCGCGATCGCCAGCGACCGGCGGCTGGGCGTGCAGCTTCAGACCATCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 131

CAGTCGCTACTTCCCCAGTTCCCCTCCGATCCTCGTCGCCGACGCATCCACCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGTTTCGCGATCGCCAGCGACCGGCGGCTGGGCGTGCAGCTTCAGACCATCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 227

CAGTCGCTACTTCCCCAGTTCCCCTCCGATCCTCGTCGCCGACGCATCCACCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccc ... cccatcgcagATCTTCGAGTATAATGGGTCCGCCGTGGTGGCGATGGTGGGGAAGAACTGTTTCGCGATCGCCAGCGACCGGCGGCTGGGCGTGCAGCTTCAGACCATCG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAGTCGCTACTTCCCCAGTTCCCCTCCGATCCTCGTCGCCGACGCATCCACCCGAACCCTCCTCCGCGACCTCGCCGTCGCCGCAGCCTTGGCCATGTCGgtgagtcccccgattccccgctggctcccgtgccgtcctcccctcgccccggatctcgaattccttaccgtttcgccccccctacccatcgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC