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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCTCCTAGACCGCCTCGAGGACTGCAGGAAAGCCTTCCCCTCCGCACTCTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccaccttgcatcctgctcctctagtcttctttctttagtcggtactgtactccagatagagccttgccgccatcaagtttccaccaattttgcacagaaatgcactgaatgcctccgtcgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G087692_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G087692_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os12g10200.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
AATCTCCTAGACCGCCTCGAGGACTGCAGGAAAGCCTTCCCCTCCGCACTCTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagcca---ccttgcatcctgctcctctagtcttctttctttagtcggtactgtactccagatagagccttgccgccatcaagtttccaccaattttgcacagaaatgcactgaatgcctccgtcgcag-------------------------------
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AACCTCCTCGACCGCCTCGAGGACTGCAGGAAGGCGTTCCCCTCCGCGCTCTGCCTCGGCGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTCGCTCCGCGGCCGCGgtgagtgagctcctcaaatctatctcctcttgttgt---tcttgcgtgacaacccctctacatatgcaccagtagaatcgctgaatttttccagcttttaacttgatagggagtatgttgtaatgtggtgatgggaggaattggggttttcttgtgtaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|74241982|gb|DT649896.1|DT649896
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
EST: gi|71440891|gb|DR821941.1|DR821941
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
EST: gi|78078319|gb|DV506734.1|DV506734
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
EST: gi|89762249|gb|DY689931.1|DY689931
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
EST: gi|101393422|gb|EB818643.1|EB818643
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
EST: gi|13316098|gb|BG410545.1|BG410545
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
EST: gi|211216128|gb|FL114057.1|FL114057
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGMACATGTCAGCCGATATGGTGAAG
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGG-ACATGTCAGCCGATATGGTGAAG
EST: gi|211216133|gb|FL114062.1|FL114062
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGAC
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGAC
EST: gi|50328095|gb|CO523221.1|CO523221
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
EST: gi|93282992|gb|EB675256.1|EB675256
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
EST: gi|87157627|gb|DY402416.1|DY402416
EST:     CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCG                         GTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA
genomic: CTGCCTTGGGGGCTCCGCCGGCGCCGTCCGCCGCTTGCTCCGTGGCCGCGgtgagccacc ... tccgtcgcagGTGGGATTGAGAGGCTGATCATGATGGACATGTCAGCCGATATGGTGAAGA