1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
GCCAACCGCCGCCGCCACTCGCCACTCTCACGTCTCGCCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcatctcctcctctcgccctctgctcttctcttggcggcctaccctactcggtcgggcgcctgcgtgatctctctttctattgggacggattgatcacggatcgctgctccattgttgttgcgtttctggattcgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G085474_T02 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|78114650|gb|DV533038.1|DV533038
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: TCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211388476|gb|FL095525.1|FL095525
genomic: TCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGATCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCACCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211388474|gb|FL095523.1|FL095523
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211391118|gb|FL095541.1|FL095541
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|149045418|gb|EE047840.2|EE047840
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|148965113|gb|EE015927.2|EE015927
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|31358163|gb|CD442520.1|CD442520
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGATCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCACCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211391121|gb|FL095544.1|FL095544
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211391124|gb|FL095547.1|FL095547
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGC-NNTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211388481|gb|FL095530.1|FL095530
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211383214|gb|FL095504.1|FL095504
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211385842|gb|FL095512.1|FL095512
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211385836|gb|FL095506.1|FL095506
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211391119|gb|FL095542.1|FL095542
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211388478|gb|FL095527.1|FL095527
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGATCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCACCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211385845|gb|FL095515.1|FL095515
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211391123|gb|FL095546.1|FL095546
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|149008746|gb|EE040943.2|EE040943
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211388484|gb|FL095533.1|FL095533
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211391115|gb|FL095538.1|FL095538
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|37421375|gb|CF648386.1|CF648386
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211388483|gb|FL095532.1|FL095532
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211388477|gb|FL095526.1|FL095526
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|29130092|gb|CB380796.1|CB380796
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211385847|gb|FL095517.1|FL095517
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211385837|gb|FL095507.1|FL095507
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211391113|gb|FL095536.1|FL095536
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211385843|gb|FL095513.1|FL095513
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAG-NCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAADSGGEST: gi|211388475|gb|FL095524.1|FL095524
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAA-CGG
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211388482|gb|FL095531.1|FL095531
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|211385838|gb|FL095508.1|FL095508
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|32863231|gb|CF002913.1|CF002913
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGATCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCEST: gi|149050402|gb|EE155650.2|EE155650
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCCAACCGCCGCCGCCACTCGCCACTCTCACGTCTCGCCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcatctcctcctctcgccctctgctcttctcttggcggcctaccctactcggtcgggcgcctgcgtgatctctctttctattgggacggattgatcacggatcgctgctccattgttgttgcgtttctggattcgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT