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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCGACACACGCAGCCGCGACCTGACCCGACCCTCCCGAGGCCGCCAGCCTTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgcagcccgtgctcccgcgctccttcctcgcctccccctctaattagaggctcctccgcgctctcggcaggggtttagctgccgtggtctgag...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083716_T03
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149009207|gb|EE041320.2|EE041320
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211425622|gb|FL361850.1|FL361850
EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: -CT----CTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|6636998|gb|AW261270.1|AW261270
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211412337|gb|FL345665.1|FL345665
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211529294|gb|FL356728.1|FL356728
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|71764884|gb|DR962821.1|DR962821
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211472722|gb|FL335027.1|FL335027
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|148941096|gb|EC885959.2|EC885959
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211402127|gb|FL345609.1|FL345609
EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: -CT----CTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|149080249|gb|EE169273.2|EE169273
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211322750|gb|FL352371.1|FL352371
EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: -CT----CTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|148959020|gb|EE010533.2|EE010533
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211277762|gb|FL330400.1|FL330400
EST:     TCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCNCGAGTAG                         AAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCT
genomic: TCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAG--CGCG-AGgtgagtccgc ... catgcagtagAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCT
EST: gi|148963973|gb|EE015101.2|EE015101
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|78080918|gb|DV509330.1|DV509330
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211003840|gb|FL306635.1|FL306635
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|148940496|gb|EC885295.2|EC885295
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211393798|gb|FL326098.1|FL326098
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         AAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTG
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... catgcagtagAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTG
EST: gi|211046076|gb|FL310634.1|FL310634
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211301789|gb|FL326006.1|FL326006
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211509889|gb|FL321846.1|FL321846
EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: -CT----CTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|149099158|gb|EE185183.2|EE185183
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|149075815|gb|EE164351.2|EE164351
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|148983129|gb|EE029060.2|EE029060
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211055913|gb|FL348005.1|FL348005
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211053293|gb|FL359912.1|FL359912
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|148961770|gb|EE012547.2|EE012547
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAG                         AAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTG
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... catgcagtagAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTG
EST: gi|211419075|gb|FL312381.1|FL312381
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211510315|gb|FL346123.1|FL346123
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|211503202|gb|FL344792.1|FL344792
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|149013866|gb|EE043351.2|EE043351
EST:     CTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCTC-CGACCCAT-CACAAGCGCGAGTAG                       
genomic: CT----CTCCGCCTCCCGCCGTCCCC-CGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt
EST: gi|148983089|gb|EE029008.2|EE029008
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGTAG                       
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGC--G-AGgtgagtccgc ... catgcagt

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 3 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 34 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 18

ATCGACACACGCAGCCGCGACCTGACCCGACCCTCCCGAGGCCGCCAGCCTTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... catgcagtagAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGGCTAACTTCAGAGT


Block sizes: 41 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 38

ATCGACACACGCAGCCGCGACCTGACCCGACCCTCCCGAGGCCGCCAGCCTTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... catgcagtagAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGGCTAACTTCAGAGT


Block sizes: 29 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 36

ATCGACACACGCAGCCGCGACCTGACCCGACCCTCCCGAGGCCGCCAGCCTTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... catgcagtagAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGGCTAACTTCAGAGT