Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGGTCGATCTCTCCCACCGCTGCTCCGCCGTTTGGGTGGTTCCGCGCCTTGGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctctttctgcttgttgcttcaccgggacctgttcgttctctgtatgctagcttgcttggattcggacaatcggtaccgtccctggaaggggta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G075562_T02
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76293630|gb|DV033198.1|DV033198
EST:     GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACG                         TATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
genomic: GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctc ... tatatgccagTATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
EST: gi|71424139|gb|DR806251.1|DR806251
EST:     GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACG                         TATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
genomic: GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctc ... tatatgccagTATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
EST: gi|78083947|gb|DV512340.1|DV512340
EST:     GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACG                         TATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
genomic: GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctc ... tatatgccagTATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
EST: gi|71435278|gb|DR816328.1|DR816328
EST:     GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACG                         TATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
genomic: GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctc ... tatatgccagTATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
EST: gi|78083774|gb|DV512167.1|DV512167
EST:     GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACG                         TATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
genomic: GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctc ... tatatgccagTATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
EST: gi|76294406|gb|DV033974.1|DV033974
EST:     GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACG                         TATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
genomic: GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctc ... tatatgccagTATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
EST: gi|148965917|gb|EE016823.2|EE016823
EST:     GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACG                         TATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
genomic: GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctc ... tatatgccagTATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
EST: gi|148947848|gb|EC893338.2|EC893338
EST:     GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACG                         TATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
genomic: GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctc ... tatatgccagTATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
EST: gi|74238806|gb|DT646720.1|DT646720
EST:     GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACG                         TATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
genomic: GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctc ... tatatgccagTATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
EST: gi|149101515|gb|EE187636.2|EE187636
EST:     GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACG                         TATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT
genomic: GGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctc ... tatatgccagTATCGCATAGGATTCCACTGGATTCAGCTGCTGAGCAGGGTACTGGAAGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGGTCGATCTCTCCCACCGCTGCTCCGCCGTTTGGGTGGTTCCGCGCCTTGGCCGCGCGGGTTGGATCCGAGCTCCGTGCAGCAGCTCCGCCGCGATACGgtgagcgctctttctgcttgttgcttcaccgggacctgttcgttctctgtatgctagcttgcttggattcggacaatcggtaccgtccctggaaggggta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC