1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GGGCTCGAGCTCGGCAAGAGCGGCAAGGACCGCGTCGCCACCACCTCCGCATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccccgtccctcccctccccttctttagtttagatctgcgaacgccgttgtggttggttctgatggtttcgcctgttgcctgccctcccgcctcgaatggggacgggtttgttcgtgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G064563_T03 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|211429139|gb|FL408429.1|FL408429
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|211385926|gb|FL097275.1|FL097275
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|211344703|gb|FL214763.1|FL214763
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|211383298|gb|FL097268.1|FL097268
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|149086869|gb|EE176413.2|EE176413
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|211385929|gb|FL097278.1|FL097278
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGNGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|93012444|gb|EB637964.1|EB637964
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|211344698|gb|FL214758.1|FL214758
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|87156350|gb|DY401139.1|DY401139
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTACGEST: gi|101390561|gb|EB817215.1|EB817215
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|211383301|gb|FL097271.1|FL097271
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|211383297|gb|FL097267.1|FL097267
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|211383300|gb|FL097270.1|FL097270
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|148971109|gb|EE021954.2|EE021954
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|149071690|gb|EE160082.2|EE160082
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATGEST: gi|211344704|gb|FL214764.1|FL214764
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
EST: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGT CCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
genomic: ATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccc ... gttcgtgcagCCGGGGACTGGCTGCAGGGCCCCTACGTCTACTACCTCTACAGCCAGTATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGGCTCGAGCTCGGCAAGAGCGGCAAGGACCGCGTCGCCACCACCTCCGCATTCAACTCCTTCAAGAACAACTACGTCCTCGTCTACTCCCTCATGATGTgtacgccccccgtccctcccctccccttctttagtttagatctgcgaacgccgttgtggttggttctgatggtttcgcctgttgcctgccctcccgcctcgaatggggacgggtttgttcgtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC