Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGCCCGGCGGTCTTCGCCGCCGCGGTCGTGGTGTTTCTGCCGGTCTTATTCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagccccactttcccctccccactgttgcgtcattcgatttgagcaggcgtagcgtcatgtcgtcagcttgtttagttgcttcgtgcggtttctgttg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057037_T02
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211458006|gb|FL008445.1|FL008445
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|76932287|gb|DV172995.1|DV172995
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|211460518|gb|FL008446.1|FL008446
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|211460520|gb|FL008448.1|FL008448
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAA
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAA
EST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|149076222|gb|EE164820.2|EE164820
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|211460519|gb|FL008447.1|FL008447
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|211458005|gb|FL008444.1|FL008444
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|148967100|gb|EE018271.2|EE018271
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGACGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|74236036|gb|DT643950.1|DT643950
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGCCCGGCGGTCTTCGCCGCCGCGGTCGTGGTGTTTCTGCCGGTCTTATTCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagccccactttcccctccccactgttgcgtcattcgatttgagcaggcgtagcgtcatgtcgtcagcttgtttagttgcttcgtgcggtttctgttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccctccc