Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGCCCGGCGGTCTTCGCCGCCGCGGTCGTGGTGTTTCTGCCGGTCTTATTCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagccccactttcccctccccactgttgcgtcattcgatttgagcaggcgtagcgtcatgtcgtcagcttgtttagttgcttcgtgcggtttctgttg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057037_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211458005|gb|FL008444.1|FL008444
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|211460520|gb|FL008448.1|FL008448
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAA
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAA
EST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|148967100|gb|EE018271.2|EE018271
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGACGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|211458006|gb|FL008445.1|FL008445
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|211460519|gb|FL008447.1|FL008447
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|211460518|gb|FL008446.1|FL008446
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|211460521|gb|FL008449.1|FL008449
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCGCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTCTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAAGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|76932287|gb|DV172995.1|DV172995
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|51592502|gb|CV071648.1|CV071648
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|149076222|gb|EE164820.2|EE164820
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
EST: gi|74236036|gb|DT643950.1|DT643950
EST:     TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCG                         GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG
genomic: TCCCCGGGTTGTTCTCCCCTCTTGGCCACGCTTTCCCTTCTGTCTTCTCGgtgagcccca ... tattttgcagGAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTG