Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTACTCGGCCCAGCCGGGGATCCAAGCGGGATGGGGTACTTGAGCTCCGTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatcttatatcgaaactgctcccgacgtccgccccccacggattttgtttttgtttggtttgtgattgcccctgctcgaattgcgatgtgggcg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G056572_T05
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os04g56450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
---GTCTACTCGGCCCAGCCGGGGATCCAAGCGGG----ATGGGGTACTTGAGCTCCGTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtga--atcttatatcgaaactgctcccgacgtccgccccccacggattttgtttttg-tttggtttgtgattgcccctgctcgaattgcgatgtgggcg
   |||   |  ||    |  | |||| | | |||    ||||||||||||||||||||||||      ||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||     ||    | |||  ||  ||| |   |||| |      ||  |||| |||| | | || || ||| ||||   | | ||||||  |   |     
CTGGTCGCGTTCGCGTT-CGTGTGATCTAGGGGGGGGATATGGGGTACTTGAGCTCCGTGATC------CCCACGGATGGATCGCCGGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtgggagcgattgattctcgggacgcctctcc-tgtcctctttttgcgcttttttttttgggtctgattcgtgtttgctt-tacccgaattctgggtttttt-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26558429|gb|CA830664.1|CA830664
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|76917080|gb|DV166669.1|DV166669
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|76288715|gb|DV028283.1|DV028283
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|60351289|gb|DN218262.1|DN218262
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|31406344|gb|CD485076.1|CD485076
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|101386844|gb|EB815439.1|EB815439
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|149106821|gb|EE188718.2|EE188718
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCT---                         -CAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|71448387|gb|DR829437.1|DR829437
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|91051774|gb|EB162192.1|EB162192
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|149111016|gb|EE294515.2|EE294515
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|74237808|gb|DT645722.1|DT645722
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|32796634|gb|CD948870.1|CD948870
EST:     GATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|37425087|gb|CF650279.1|CF650279
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|60394530|gb|DN227400.1|DN227400
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|211488149|gb|FL406776.1|FL406776
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCSGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|22133680|gb|BQ833845.1|BQ833845
EST:     CGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: CGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|211209068|gb|FL368391.1|FL368391
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|50323711|gb|CO518837.1|CO518837
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
EST: gi|76931265|gb|DV172687.1|DV172687
EST:     GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAG                         CCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC
genomic: GTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatc ... tttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCTACTCGGCCCAGCCGGGGATCCAAGCGGGATGGGGTACTTGAGCTCCGTGATCGGCCACCCCACCGATGGATCCTCCGTCAGCGGCGGCGGCCTCAGgtggtgaatcttatatcgaaactgctcccgacgtccgccccccacggattttgtttttgtttggtttgtgattgcccctgctcgaattgcgatgtgggcg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA