1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
CGTCTCCTCCTCCGTCGGACCCGAGTACTATGTCGGCATCCTCTCCTTCGTTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccggagcggatctagcatcctcgatctaaatgtctcactcctttcctcctaccgatctagtgctagctgctcactggctgaagggtgttcggta...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G056569_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAG GTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCTEST: gi|71770538|gb|DR968475.1|DR968475
genomic: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccgg ... ttcacttcagGTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCT
EST: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAG GTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCTEST: gi|71770539|gb|DR968476.1|DR968476
genomic: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccgg ... ttcacttcagGTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCT
EST: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAG GTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCTEST: gi|148956790|gb|EC902680.2|EC902680
genomic: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccgg ... ttcacttcagGTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCT
EST: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAG GTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCTEST: gi|32800364|gb|CD952600.1|CD952600
genomic: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccgg ... ttcacttcagGTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCT
EST: TTGACAAGGACCAACTAGAACCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAG GTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCTEST: gi|91054538|gb|EB164956.1|EB164956
genomic: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccgg ... ttcacttcagGTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCT
EST: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAG GTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCTEST: gi|91054539|gb|EB164957.1|EB164957
genomic: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccgg ... ttcacttcagGTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCT
EST: GACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAG GTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCTEST: gi|32798379|gb|CD950615.1|CD950615
genomic: GACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccgg ... ttcacttcagGTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCT
EST: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCCTCCTCATGCACAACAAG GTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCTEST: gi|91873808|gb|EB403765.1|EB403765
genomic: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccgg ... ttcacttcagGTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCT
EST: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAG GTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCT
genomic: TTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccgg ... ttcacttcagGTTCTCTCTGTGGTTGGTATATTGCAAGATGAAGTTGATCCTATGGTATCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGTCTCCTCCTCCGTCGGACCCGAGTACTATGTCGGCATCCTCTCCTTCGTTGACAAGGACCAGCTCGAGCCGGGGTGCTCCATCCTCATGCACAACAAGgtttgtccggagcggatctagcatcctcgatctaaatgtctcactcctttcctcctaccgatctagtgctagctgctcactggctgaagggtgttcggta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcctacc