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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAGACGTGGGCGCGTGGGCGATGAACGTCGTCAGCTCCGTCAGCCTCATCATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtaccccccttcctctcctctcctcgcctcgcctctcctccccgcggatctggaacccggatccgccggccgctagtgggggggattggtcgcggatctggcggaggcgtctgactgttcgttttcgggctgcctgtgttgtgaatgcgcgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G055216_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G055216_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os07g39280.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
TCAGACGTGGGCGCGTGGGCGATGAACGTCGTCAGCTCCGTCAGCCTCATCATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtaccccccttcctctcctctcctcgcctcgcctctcctccccgcggatctggaacccggatccgccggccgctagtgggggggattggtcgcggatctggcggaggcgtctgactgttcgttttcgggctgcctgtgttg--tgaatgcgcgcag
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TCCGACGTCGGGGCGTGGGCGATGAACGTCGTCAGCTCCGTCGGCATCATCATGGCAAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCTCCTTCGgtacccttcgcgccttcgcgcgctc-ctcctcctcccctttcccctctccgcagatctggatccgcaggt---tcgggtttgttcctggtgacgccgccgcgggatctgattttttcttctttttttcgtttcctcctttggtcgaatgcag----

upper sequence: GRMZM2G055216_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA11G00210.2 (Glycine max), 5'ss of exon 1
TCAGACGTGGGCGCGTGGGCGATGAACGTCGTCAGCTCCGTCAGCCTCATCATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtaccccccttcctctcctctcctcgcctcgcctctcctccccgcggatctggaacccggatccgccggccgctagtgggggggattggtcgcggatctggcggaggcgtctgactgttcgttttcgggctgcctgtgttgtgaatgcgcgcag
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TCTGATGTGGGAGCATGGGCCATGAACGTTGTCAGCTCCGTCGGAATTATTATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctctctcttctcaactattatttc-tctatgttatgtttggatctgagactgggagtaatagatctctaat--------ttcttcgacattctcttgcatact---------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G055216_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA01G45700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
TCAGACGTGGGCGCGTGGGCGATGAACGTCGTCAGCTCCGTCAGCCTCATCATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgt-accccccttcctctcctctcctcgcctcgcctctcctccccgcggatctggaacccggatccgccggccgctagtgggggggattggtcgcggatctggcggaggcgtctgactgttcgttttcgggctgcctgtgttgtgaatgcgcgcag
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TCTGATGTGGGAGCATGGGCCATGAACGTTGTCAGCTCCGTCGGAATTATTATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagcctctctcttctcaactctatgttatgttt-----------ggatctgagactgagagtaatagatctctaat--------ttcttcgacattctcttgcatttttatggttct------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149023508|gb|EE045856.2|EE045856
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|78082074|gb|DV510486.1|DV510486
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|91872782|gb|EB402739.1|EB402739
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|71439306|gb|DR820356.1|DR820356
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|91869654|gb|EB400482.1|EB400482
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|76282594|gb|DV022162.1|DV022162
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|149074480|gb|EE162876.2|EE162876
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|211053527|gb|FL140437.1|FL140437
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|50337879|gb|CO533005.1|CO533005
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|211053522|gb|FL140432.1|FL140432
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|71318582|gb|DR796050.1|DR796050
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|211053523|gb|FL140433.1|FL140433
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|149008482|gb|EE040648.2|EE040648
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|71436404|gb|DR817454.1|DR817454
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|211056459|gb|FL140439.1|FL140439
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|71314415|gb|DR793832.1|DR793832
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|71444649|gb|DR825699.1|DR825699
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|71446654|gb|DR827704.1|DR827704
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|211053525|gb|FL140435.1|FL140435
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|211053526|gb|FL140436.1|FL140436
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|148987586|gb|EE031452.2|EE031452
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|86466628|gb|DY232998.1|DY232998
EST:     CGTGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACCCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|76935918|gb|DV174533.1|DV174533
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|78113744|gb|DV532133.1|DV532133
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|71299090|gb|DR785540.1|DR785540
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|50337628|gb|CO532754.1|CO532754
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|149101076|gb|EE187177.2|EE187177
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGA
EST: gi|211053524|gb|FL140434.1|FL140434
EST:     CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGC-TTCGCCTTCG                         CCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTTCGGGTGG
genomic: CATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGT-CGGGTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 101

TCAGACGTGGGCGCGTGGGCGATGAACGTCGTCAGCTCCGTCAGCCTCATCATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGATCTCCAACGCCACCGGCTACTCCGTCTCCAAGCACGTCCCGCTCTGGGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 293

TCAGACGTGGGCGCGTGGGCGATGAACGTCGTCAGCTCCGTCAGCCTCATCATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGATCTCCAACGCCACCGGCTACTCCGTCTCCAAGCACGTCCCGCTCTGGGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 367

TCAGACGTGGGCGCGTGGGCGATGAACGTCGTCAGCTCCGTCAGCCTCATCATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGATCTCCAACGCCACCGGCTACTCCGTCTCCAAGCACGTCCCGCTCTGGGA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 168

TCAGACGTGGGCGCGTGGGCGATGAACGTCGTCAGCTCCGTCAGCCTCATCATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtacccccct ... atgcgcgcagCCACCACGCTGACCGGGTTCCACTTCACGGTCACGGCGCTCGTCGGGTGGATCTCCAACGCCACCGGCTACTCCGTCTCCAAGCACGTCCCGCTCTGGGA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCAGACGTGGGCGCGTGGGCGATGAACGTCGTCAGCTCCGTCAGCCTCATCATGGCCAACAAGCAGCTCATGTCCTCCTCCGGCTACGCCTTCGCCTTCGgtaccccccttcctctcctctcctcgcctcgcctctcctccccgcggatctggaacccggatccgccggccgctagtgggggggattggtcgcggatctggcggaggcgtctgactgttcgttttcgggctgcctgtgttgtgaatgcgcgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC