1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
GCGAGGAGCTGAGGGGGGGCCCTTCTGCTGCTGTTCTTGTTTCCCCGCTCTCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgctggacctctcttggtctgttttccaattctgcctgaccgtgttctgcttgcttttttttttgatctggccattcttgccggctttcttggtttatcggcgtcgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G053764_T06 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|76294184|gb|DV033752.1|DV033752
genomic: GCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|94476395|gb|EB705353.1|EB705353
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCCAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|76294043|gb|DV033611.1|DV033611
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|76931862|gb|DV172877.1|DV172877
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCGAGGAGCTGAGGGGGGGCCCTTCTGCTGCTGTTCTTGTTTCCCCGCTCTCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgctggacctctcttggtctgttttccaattctgcctgaccgtgttctgcttgcttttttttttgatctggccattcttgccggctttcttggtttatcggcgtcgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC