1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GCGAGGAGCTGAGGGGGGGCCCTTCTGCTGCTGTTCTTGTTTCCCCGCTCTCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgctggacctctcttggtctgttttccaattctgcctgaccgtgttctgcttgcttttttttttgatctggccattcttgccggctttcttgg...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G053764_T02 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|94476395|gb|EB705353.1|EB705353
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCCAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|5895766|gb|AW037012.1|AW037012
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: AAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGAGCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|32859162|gb|CD998843.1|CD998843
genomic: AAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|5895785|gb|AW037031.1|AW037031
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: CCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|60355446|gb|DN222419.1|DN222419
genomic: CCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|32859414|gb|CD999095.1|CD999095
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|71328419|gb|DR800850.1|DR800850
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|211174889|gb|FL306344.1|FL306344
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|5895786|gb|AW037032.1|AW037032
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|5917370|gb|AW054161.1|AW054161
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: AAGCGCCGCGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|22715330|gb|BU197707.1|BU197707
genomic: AAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: GTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|211174894|gb|FL306349.1|FL306349
genomic: GTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATTEST: gi|211363205|gb|FL271919.1|FL271919
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
EST: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
genomic: TCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgc ... ggcgtcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTCGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCGAGGAGCTGAGGGGGGGCCCTTCTGCTGCTGTTCTTGTTTCCCCGCTCTCCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtgaggatgctggacctctcttggtctgttttccaattctgcctgaccgtgttctgcttgcttttttttttgatctggccattcttgccggctttcttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC