1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GTTCAACATCTCCGAGACCGCCTTCCTCCTCCGGGAAAAGTCCTCCGCGGCCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgcggcctcgtcgtcgcatcgcacatctgctcgttcgttagaatcgtgacgcgacgccgttccag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G050325_T02 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACAEST: gi|74239407|gb|DT647321.1|DT647321
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACAEST: gi|94477663|gb|EB706621.1|EB706621
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACAEST: gi|71775486|gb|DR973364.1|DR973364
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACAEST: gi|50338932|gb|CO534058.1|CO534058
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACAEST: gi|148986829|gb|EE030628.2|EE030628
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACAEST: gi|149097405|gb|EE183258.2|EE183258
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACAEST: gi|50331531|gb|CO526657.1|CO526657
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACAEST: gi|93015163|gb|EB640683.1|EB640683
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACAEST: gi|78119655|gb|DV538039.1|DV538039
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACAEST: gi|94477868|gb|EB706826.1|EB706826
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
EST: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAG GTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
genomic: CCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgc ... gccgttccagGTGGAGCTCTGCGGCCACGCCACGCTGGCTTCCGCCCACTTCCTCTTCACA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTCAACATCTCCGAGACCGCCTTCCTCCTCCGGGAAAAGTCCTCCGCGGCCGGCGCCGTCCCGCTGTTCCAGCTCCGATGGTTCACCCCCGTCGCTGAGgtacctccgcggcctcgtcgtcgcatcgcacatctgctcgttcgttagaatcgtgacgcgacgccgttccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC