Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATTGTTGCCCAGTTGATGTACCTTGAATGGATGAACAGTAAAGAACCTGTTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCGgtaagcaagattgttcaattggtgacttcagtcaagtatttccagtattggggtcagtaccggtagaatttggcttattcatgttcttctaattagggtagactataaggtctctttagcatttgtatcatgtcgtcatggttgctatatagtcaaatagttctttaattgattgtctgtatttgtcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030072_T03
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G030072_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os03g22430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CATTGTTGCCCAGTTGATGTACCTTGAATGGATGAACAGTAAAGAACCTGTTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCGgtaagcaagatt-----gttcaattggtgactt-cagtcaagtatttccagtattggggtcagtaccg-gtagaatttggcttattcatgttcttc-taattagggtagactataaggtctctttagcatttgtatcatgtcgtcatggttgctatatagtcaaatagttctttaattgattgtctgtatttgtcag
  | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | ||     ||||  ||  || ||  ||||||| ||||  |     |   |  ||||    ||||  ||| | | ||| ||  || || ||||                                                                                                
TGTCGTTGCGCAGTTGATGTACCTTGAGTGGATGAATAGTAAAGAACCTGTTTACATATACATCAACTCCACAGGAACAGCTCGTGATGATGGTGAACCAgtaagcatgcttatcttgttcggttcatggctcgcagtcaactattctctaccgttttgatagtattaagtagccttttg-tcattaattatcatcataat------------------------------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32928536|gb|CF033348.1|CF033348
EST:     TTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCG                         GTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATG
genomic: TTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCGgtaagcaaga ... tatttgtcagGTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATG
EST: gi|9794785|gb|BE553093.1|BE553093
EST:     TTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCG                         GTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATG
genomic: TTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCGgtaagcaaga ... tatttgtcagGTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATG
EST: gi|33103277|gb|CF063237.1|CF063237
EST:     TTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCG                         GTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATG
genomic: TTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCGgtaagcaaga ... tatttgtcagGTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATG
EST: gi|32929221|gb|CF034033.1|CF034033
EST:     TTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCG                         GTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATG
genomic: TTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCGgtaagcaaga ... tatttgtcagGTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATG
EST: gi|50332076|gb|CO527202.1|CO527202
EST:     TTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCG                         GTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATG
genomic: TTTATATATACATCAACTCAACTGGAACGGCTCGCGATGATGGTGAACCGgtaagcaaga ... tatttgtcagGTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATG