Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGGGGCTTGTTAGTAGTCCAGTCGCTGCTATAAAATAAAGCGGCCATGAACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatttgcgctcttgttcttctcttacccttgaccatgaaaatgcttccttttctctggttgagatcttcccctccccctgccggatctgaatct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G025528_T04
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148994757|gb|EE034229.2|EE034229
EST:     ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|148970951|gb|EE021758.2|EE021758
EST:     ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|148936313|gb|EC880396.2|EC880396
EST:     ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|71313732|gb|DR793456.1|DR793456
EST:     TGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGTCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: TGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|71435243|gb|DR816293.1|DR816293
EST:     ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|148957676|gb|EC903790.2|EC903790
EST:     CTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: CTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|149086713|gb|EE176255.2|EE176255
EST:     ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|148953239|gb|EE152723.2|EE152723
EST:     CTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: CTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|211063921|gb|FK969107.1|FK969107
EST:     GTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGTCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: GTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|37426288|gb|CF650896.1|CF650896
EST:     TCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCATGAACAAGTGTCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: TCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|149083933|gb|EE173311.2|EE173311
EST:     GTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: GTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|50339614|gb|CO534740.1|CO534740
EST:     CTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: CTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|71330461|gb|DR801989.1|DR801989
EST:     ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|149072804|gb|EE161051.2|EE161051
EST:     ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|93014257|gb|EB639777.1|EB639777
EST:     CTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: CTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|148995735|gb|EE034963.2|EE034963
EST:     ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|148982279|gb|EE028228.2|EE028228
EST:     CTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: CTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
EST: gi|71446963|gb|DR828013.1|DR828013
EST:     ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAG                         GTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG
genomic: ACCGTGTTCTCGCTCTCGCGTGTGCGTCTTCTCTGCTCACATGCCGCGAGgtaggtgatt ... gctgctgcagGTGCTCCAGGAACAAGTGCCGTCCACCAGATCCAGGCTCGGCATGTTCGTG