ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

CGCAGCCCGTGACGCTGCCACCGCCCCAGCTCCGGTGCTGCGCGTCCACCGTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccggtgtctcttctctcctgggaacctcgttcgcgcaatcattgtgcggctgagatgtgattgtttctgtgtaaggtcggattggatgttacta...

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G022563_T01
intron #	1
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G022563_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os04g55060.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1

CGCAGCCCGTGACGCTGCCACCGCCCCAGCTCCGGTGCTGCGCGTCCACCGTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGG---CTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgcc----ggtgtctcttctctcctgggaacctcgttcgcgcaatcattgtgcggctgagatgtgattgtttctg--tgtaaggtcggattggatgttacta
    |   | |  ||   |  |  | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||   |  |||||||||||||||||||||||  ||    |||| ||||   |   || |  || ||   | ||         | ||   ||  || |     | ||  ||  || |  |  ||| ||      
---CGTTGGCGGGGCCCGCGGCCGCGCAGCTCCGGTGCTGCGCCTCCACCGTCGACGACGGCGTCGTCTCCGCCGCGGCGGCCCCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaaacccccgcggtgcctctgtgccggtgtgccccacgcgtgggcgcgtggctcgtggtccagtggttaagcactttggctgcgagatgtggctggttg------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|149099166|gb|EE185191.2|EE185191

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCTCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|71430696|gb|DR811746.1|DR811746

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|76921158|gb|DV168472.1|DV168472

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|71446997|gb|DR828047.1|DR828047

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|89756348|gb|DY686398.1|DY686398

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|71429949|gb|DR810999.1|DR810999

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|76291106|gb|DV030674.1|DV030674

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|9732483|gb|BE511235.1|BE511235

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|149095842|gb|EE181493.2|EE181493

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|149105057|gb|EE290536.2|EE290536

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|78121840|gb|DV540224.1|DV540224

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|148935022|gb|EC879064.2|EC879064

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

EST: gi|101397488|gb|EB820667.1|EB820667

EST:     GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAG                         GGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC
genomic: GTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAAC

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 59

CGCAGCCCGTGACGCTGCCACCGCCCCAGCTCCGGTGCTGCGCGTCCACCGTCGACGATGGCGTGGTGTCCGCTGCGGCTTCCAAGCCCCGCCTCCCCAGgtaacgccgg ... gatattacagGGTGGTTGGTATGGGTTCAAAGCTCGTTGGATGTGGATCAGCCATCCCAACACTTAGCGTTTCAAATGATGACCTTTCGAAGATAGTTGAAACATCAGAT

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 37

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 48