1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GCGGCCTCCCAGATCCGGTTGGATCGAGGGGCAAGGTCAAGAGATGGGGCAGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtctccttccttcctgtttcccctcgctcccttcccatctcgacaggatactgcaatgaatcgggctcctcgataaaccgatccgttcacaaa...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G011518_T03 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|74243860|gb|DT651774.1|DT651774
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532186|gb|FL238598.1|FL238598
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211535184|gb|FL238611.1|FL238611
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532185|gb|FL238597.1|FL238597
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211535181|gb|FL238608.1|FL238608
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532189|gb|FL238601.1|FL238601
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532184|gb|FL238596.1|FL238596
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|76932677|gb|DV173113.1|DV173113
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCGGCCTCCCAGATCCGGTTGGATCGAGGGGCAAGGTCAAGAGATGGGGCAGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtctccttccttcctgtttcccctcgctcccttcccatctcgacaggatactgcaatgaatcgggctcctcgataaaccgatccgttcacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG