1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GCGGCCTCCCAGATCCGGTTGGATCGAGGGGCAAGGTCAAGAGATGGGGCAGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtctccttccttcctgtttcccctcgctcccttcccatctcgacaggatactgcaatgaatcgggctcctcgataaaccgatccgttcacaaa...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G011518_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|21330796|gb|BQ486177.1|BQ486177
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|60399000|gb|DN231816.1|DN231816
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532193|gb|FL238605.1|FL238605
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532190|gb|FL238602.1|FL238602
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532195|gb|FL238607.1|FL238607
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211535183|gb|FL238610.1|FL238610
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532186|gb|FL238598.1|FL238598
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211535184|gb|FL238611.1|FL238611
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|76016402|gb|DT943572.1|DT943572
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532185|gb|FL238597.1|FL238597
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211535181|gb|FL238608.1|FL238608
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532189|gb|FL238601.1|FL238601
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|211532184|gb|FL238596.1|FL238596
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAGEST: gi|32802499|gb|CD954735.1|CD954735
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCACCATACTCTATAAG
EST: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGG GTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCAGCCATACTCTATAA
genomic: AGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtc ... ttttcctcagGTGGTGATGCTTGGGTTGGATGCAGCTGGGAAAACCA-CCATACTCTATAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCGGCCTCCCAGATCCGGTTGGATCGAGGGGCAAGGTCAAGAGATGGGGCAGGCCTTCCGAAAGCTGTTTGATGCCTTCTTCGGCAACAAGGAGATGCGGgtacgctgtctccttccttcctgtttcccctcgctcccttcccatctcgacaggatactgcaatgaatcgggctcctcgataaaccgatccgttcacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG