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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGAGGTGATCAACGACCTGGGCTTCGACACGCTCACCTTCCTCGGCGTCACGGTCCTCGTCGTCCCCGCCTTCCGCGTCGTCAAGGCCAGCCCAGTGAAgtatctctcccccccgtcctccccgcctcgcctcctcctcgcggcgcccccaccgccccttgctctcccgtgcttacacgccgcgccgcccaaatgctgccgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G009715_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G009715_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os12g42300.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
-----TCGAGGTGATCAACGACCTGGGCTTCGACACGCTCACCTTCCTCGGCGTCACGGTCCTCGTCGTCCCCGCCTTCCGCGTCGTCAAGGCCAGCCCAGTGAAgtatctctcccccccgtcctccccgcctcgcctcctcctcgcggcgcccccaccgccccttgctc-tcccgtgcttacacgccgcgccgcccaaat--gctgccgtag
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CGCGGTGGAGGTGATCAACGACCTGGGGTTCGACACGCTCACCTTCCTCGGCGTCACCGTGCTGGTCGTCCCGGCCTTCCGCGTCGTCAAGGCCAGCCCAgtgaagtatctctcccccgc-cccccccctccccactccctctcctc-----ctcgattgcctccttctgatcccaaaactgcatttctttttctccatttttgggggcgtag